医院污水从广义上来说属于生活污水，但是，医院污水的特点是含病原菌。因此，医院污水治理技术的重点是把好消毒关。医院污水处理根据处理后的污水去向分为一级处理和二级处理。一级处理主要是采用物理方法取出污水中的悬浮物和物，并对污水和污泥进行消毒处理。二级处理则是要用生物处理的方法取出污水中的物，并对生化出水进行消毒处理。
大部分医院的一体化医院污水处理设备一般都是采用一级处理的方法，因为在二级处理中，生化设备的费用比较高，再说一般的医院污水都是流进市政管网，在经过大型的污水处理厂进行集中处理。如果每个医院都要进行生化处理的话，就造成了能源和资金的浪费，所以大部分的环保局并不严格要求辖区的医院的污水进行生化处理。
医院污水处理常用的消毒剂有：液LV、次氯酸钠消毒液、二氧化氯消毒液、臭氧等多种消毒剂。从这几种消毒剂的特点来看：液LV的费用，但是它是剧毒物品，一旦泄漏会产生很严重的后果，在人口密集的市区一般不能采用。臭氧的消毒效果好也不会有残留有害物，可是在国内还没有成熟的设备且设备价格很高、运行费用也很高，所以在国内很少有使用臭氧设备的。次氯酸钠和二氧化氯在消毒效果上是二氧化氯要好一些，但目前国内使用在医院污水处理工程中的二氧化氯设备都没有成功的例子，原因是国内的二氧化氯设备不适宜医院污水间歇式的消毒处理特点。化学法的二氧化氯运行费用有很高，用在医院污水处理上不合算。在同样可以达到消毒效果的前提下，采用次氯酸钠发生器现场制作消毒液，同步投加到污水管网进行消毒，这种工艺用在医院污水处理工艺上式比较合理的。
