目前我国中水回用存在着不少的问题。首先，中水回用的应用范围不够广泛，于部分缺水严重的城市，且大多数中水工程是由政府强制安装;其次，在一些已经开展中水回用的地区，中水回用工程运营状况不佳。

北京很多居民小区的中水回用工程闲置多年，造成严重的投资浪费。造成这种状况的原因复杂，既有技术上的问题，也有经济、制度上的问题。

*，认识问题。部分水价较高，并且缺水严重的地区，政府、企业和居民已经有了中水回用的意识，并且展开了富有成效的实践。但是在水资源相对丰富、水价相对较低的南方地区，中水回用的意识还十分淡薄，公众对中水的认识也十分缺乏，习惯上难以接受。

第二，工程建设问题。

(1)由于中水回用系统立于自来水供应系统，因此开展中水回用必然要求建设另一套给排水系统，使得中水回用系统只能在新建筑中使用;

(2)中水回用技术还在不断发展当中，早期一些中水回用系统由于技术问题导致中水质量较差，成本过高，从而导致这些中水回用系统的闲置和浪费，同时也降低了更新中水回用技术的激励;

(3)目前中水回用的主要模式是“自给自足”，即小区、酒店内部独立建设一座的中水回用工程，由于水源的不稳定、回用规模较小，导致设施得不到充分利用，中水供给很不稳定，成本偏高。

部分地区已经成立了一定规模的中水公司，但是限于管网问题、运输成本，也没有得到广泛应用。专业中水公司虽然降低了中水的处理成本，但是如何将中水输送到用户手中又成了一个问题，目前的解决方法是建设新的市政中水管线供水、送水车供水，显然这会大大提高了中水的成本。

第三，价格问题。价格直接影响到中水的需求。目前由于技术和规模问题使得中水回用的成本偏高，一些规模偏小的中水回用工程中水的成本甚至超过了自来水的价格。自来水是中水直接的替代品，因此中水没有竞争优势。

第四，制度问题。目前我国还没有一套适应中水回用的制度体系，包括中水回用标准、中水监管、中水工程投入等。

我国建筑中水回用执行的水质标准是现行的《生活杂用水水质标准》，该标准部分指标比发达国家的回用水水质标准还严格。这一方面使得许多现有中水工程不达标;另一方面，也限制了建筑中水工程的推广和普及。

此外，中水回用的监管也存在缺位问题，在缺乏现场例行监测和管理部门监测的情况下，大部分建筑中水设施的运行实际上处于失控状态，无法保证用户用水要求。