蓝绿藻在线分析仪是利用蓝藻在光谱中有吸收峰和发射峰这一特性，发射特定波长的单色光照射到水中，水中的蓝藻吸收该单色光的能量，释放出另外一种波长的单色光，蓝藻发射的光强与水中蓝藻的含量成正比。
仪器通过实时、现场操作，可在无需人工操作的情况下实现从水样采集到数据输出的快速分析。许多结构复杂的在线水质分析仪器已经具有了自动诊断、自动校准、自动清洗、故障报警等功能，以保证分析结果可靠性和仪器的长时间*运行。
仪器广泛应用于水环境自动监测站、自来水厂、地区水界点、水质分析室、排放废水和污水的水质总锌含量监测以及各级环境监管机构对水环境的监测。
蓝绿藻在线分析仪的稳定性一般较高，所以对环境因素的要求也相对其它分析仪器较高。但总的来讲，影响仪器稳定性的因素主要有以下三个方面：
1、压力：每种分析仪器，尤其是水质分析仪器都会对进样有压力要求，在进行仪器安装时，不但要保证样品压力符合仪器要求，而且要保证压力的稳定，这可以通过安装调压阀来实现;
2、流量：不同的仪器对流量也有着严格的要求。不管是电化学原理、光学原理、质谱等分析仪器，都会要求样品在一定流量下通过，唯有如此，才能保证分析的科学性和准确度;
3、温度：每种机器都有适应于其本身的温度要求，这缘于仪器本身材料的构成，也缘于分析原理的要求。所以要求较高的分析仪器都要安装在恒温的分析小屋内。
只要保证了上面三个因素，基本上就可以保证蓝绿藻在线分析仪的稳定性了。
