消毒工艺是医疗结构污水处理的重要的环节，现在使用的消毒剂主要是氯系(次氯酸钠、二氧化氯等)、臭氧以及紫外，其中多为次氯酸钠和二氧化氯消毒工艺。
乡镇医疗废水污水处理设备特点
1、操作简单，管理方便，运行可靠；
2、可将设备埋于地表下，设备上方可用来进行绿化，环境美观，减少占地面积；
3、整个医院废水处理设备处理系统完善，运行安全可靠，平时一般不需要专人管理，只需适时地对设备进行维护和保养，管理费用小；
4、抗冲击负荷的能力强，出水水质稳定，污泥产量少且易于处理；
5、不受污水量的限制，机动灵活，可单个使用，也可多个联合使用；
乡镇医疗废水污水处理设备工艺流程
根据我国医院的现有处理设施的运行效果等，在《医院污水处理设计规范》中根据不同排放去向的不同排放要求，归纳总结了成熟的处理工艺，包括一级处理工艺、二级和深度处理。一级处理工艺包括：“化粪池+格栅+(调节池)+(沉淀)+消毒池”，根据实际情况适当设置调节池和沉淀池，根据水力条件决定是否设置提升系统，一级处理工艺仅适用于排放到有污水处理厂的下水道。二级处理工艺：“化粪池+格栅+调节池+生物处理+沉淀+消毒池”，具体的生物处理工艺多种多样，例如SBR、普通活性污泥法、生物膜法以及各种变形工艺。深度处理工艺：是在二级处理的基础上增加投药过滤处理单元，后消毒后排放。
