纳滤膜的可靠性是目前阻碍纳滤膜推广应用的关键之一，而纳滤膜污染又是影响其可靠性的决定因素。尽管在纳滤膜的应用过程中产生膜污染是在所难免的，但是可以通过对不同的纳滤膜污染采取相应的措施来减少纳滤膜污染程度。
目前控制纳滤膜过程污染的方法大体可分为以下四种：
1、清洗：清洗方法的选择主要取决于纳滤膜的构型、膜种类和耐化学试剂能力以及污染物的种类，常用的方法有物理方法和化学方法两类。
2、改变物料的性质：在膜过滤之前，对料液进行预处理如热处理、 加配合剂(EDTA等) 、 活性炭吸附、 预微滤和预超滤等，以去除一些较大的粒子;也可调节PH 远离蛋白质等电点从而减轻吸附作用造成的纳滤膜污染。
3、改变操作方式：改变操作方式实际上是改善膜面流动方式，其主要方法有：一是在膜过程中采取一定的操作策略;另外则是改进膜组件及膜系统结构设计。用这两种方法可让流体在纳滤膜组件中的流动呈现出减轻膜污染和浓差极化的理想状态。
4、纳滤膜的改性：改变膜材料或膜的表面性质把膜表面改变成亲水性，为了强化膜的操作性能，减少膜污染，膜表面的更新是一种方法，膜面与溶质的物理化学相互作用可由合适的表面活性剂来控制。
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