一全自动次氯酸钠发生器的主要作用方式是通过其水解生成次氯酸，再进一步分解生成新生态氧，其强氧化使菌体和上部蛋白质等物质变性，从而导致病源微生物死亡。实际上，氯消毒的原理也主要是以产生次氯酸，然后释放出新的生态氧的方式来进行。
通过化学分析，发现PPM次氯酸钠在水中几乎*水解为次氯酸，其效率高达99.99%。它的程序可用化学方程简单表示如下：
naClO+h2O=hlo+naOH
hclo→hcl+[O]
次氯酸在消毒、杀毒过程中，不仅作用于细胞壁、外壳，而且由于次氯酸分子较小，不带电荷，还能渗透到细菌体内，与细菌的蛋白质、核酸、和酶等有机大分子发生氧化反应，导致病原微生物死亡。
R+HClO→R2NCl+H2O。
与此同时，次氯酸产生的氯离子可以明显改变细菌和体内的渗透压，使细胞失去活力。
另外，次氯酸钠还能分解残留在蔬菜、水果和其他农副产品上的微量药。大多数杀虫剂是由有机物质组成的，而次氯酸钠释放出的新态氧可以将这些物质氧化分解。对现代农业、果蔬包装业的发展无疑具有重要的促进作用。
还可以肯定的是，由于全自动次氯酸钠发生器产生的消毒剂不像氯、二氧化氯等消毒剂在水中产生游离氯，因此一般很难形成由于游离氯的存在而产生的对人体有害的致癌物质；也不像臭氧那样，只要空气中存在微弱的量(0.001mg/m3)，就会对生命造成伤害和毒害；而且，还不像氯与水反应会形成盐酸那样，对金属管道造成严重腐蚀。
