一、无菌室的设置
1、无菌室应有内、外两间，内间是无菌室，外间是缓冲间。房间容积不宜过大，以便于空气灭菌。
2、内间应当设拉门，以减少空气的波动，门应设在离工作台的位置上；外间的门也用拉门，要设在距内间的位置上。
3、在分隔内间与外间的墙壁或隔扇上，应开一个小窗，方便内外传递物品的通道，以减少人员进出内间的次数，降低污染程度。
4、无菌室容积小而严密，使用一段时间后，室内温度很高，故应设置通气窗。通气窗应设在内室进门处的顶棚上（即离工作台的位置），为双层结构，外层为百叶窗，内层可用抽板式窗扇。通气窗可在内室使用后、灭菌前开启，以流通空气。
二、无菌室的过滤级别
根据无菌室内的空气洁净度的不同，无菌室大致可以分为：百级无菌室，千级无菌室，万级无菌室，十万级无菌室，百万级无菌室等。
三、无菌室设计建设要点
无菌室内的地面、墙壁必须平整，不易藏污纳垢，便于清洗。工作台的台面应该处于水平状态。无菌室和缓冲间都装有紫外线灯，无菌室的紫外线灯距离工作台面 1 米。工作人员进入无菌室应穿灭过菌的服装，戴帽子。
当前无菌室多存在于微生物工厂，一般实验室则使用超净台。超净台其主要功能是利用空气层流装置排除工作台面上部包括微生物在内的各种微小尘埃。通过电动装置使空气通过高效过滤器具后进入工作台面，使台面始终保持在流动无菌空气控制之下。而且在接近外部的一方有一道高速流动的气帘防止外部带菌空气进入。
在条件较困难的地方，也可以用木制无菌箱代替超净台。无菌箱结构简单，便于移动，箱正面开有两个洞，不操作时用推拉式小门挡住，操作时可以将双臂伸进去。正面上部装有玻璃，便于在内部操作，箱内部装有紫外线灯，从侧面小门可以放进去器具和菌种等。
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