医药中间体废水中的Cod、悬浮物和色度是主要的污染物指标。其主要特点是有机污染物浓度高、悬浮物含量高、色度高以及各种生化抑制因素。
制药废水的物化处理可以作为单独的处理工艺，也可以作为生物法预处理或后处理。根据水质的不同，采用的物理化学法有：气浮法、混凝法、吸附法、电解法等。
（1）气浮法
气浮也是制药废水处理过程中常用的一种方法，包括充气气浮、溶解气浮、化学气浮和电解气浮。其中，化学气浮法广泛应用于高悬浮物含量废水的预处理。经化学气浮处理后，对CO-D和固体悬浮物的去除率分别达到50和80。气浮法具有投资少、能耗低、工艺简单、维护方便等优点。
（2）混凝法
混凝法是制药废水处理中常用的一种物理化学方法。通过投加混凝剂，可以降低污染物浓度，提高废水的可生化性。常用的混凝剂有聚合硫酸铁、三氯化铁、铁盐、聚合氯化铝、聚合氯化铝、聚丙烯酰胺（PAM）等，混凝法广泛应用于制药废水和中药废水。
（3）吸附法
吸附法是利用多孔固相材料吸附废水中的某些或几种污染物，达到净化废水的目的。在制药废水处理中，维生素、双氯芬酸和中成药生产过程中产生的废水常采用干灰或活性炭处理。受吸附剂粒径、表面和结构的影响，COD和色度的去除率分别约为40%和80%。
（4）电解法
当电极插入废水并通过电流时，电子被接收到阴极板上。在水电解过程中，阳极上产生氧气，阴极上产生氢气。上述综合工艺导致阳极氧化和阴极还原。目前，电解法主要用于处理含铬、含氰废水。
混凝法、气浮法和电解法主要用于中药制药废水的预处理，以降低废水的悬浮物和色度，产生大量污泥。因此，生化法应成为中药制药废水处理的主要方法。
生化法主要包括水解酸化、厌氧法、好氧法等，当废水浓度较低时，一般采用水解酸化+好氧法处理，而厌氧法+好氧法适用于污染物浓度较高的废水。
（1）厌氧法
厌氧法是中药废水常用的处理工艺，能去除有机废水中的大部分污染物。在现有的研究中，采用两相厌氧消化产酸相将大分子有机物分解为小分子物质，提高中药废水好氧处理前的可生化性。
（2）好氧法
好氧法处理有机废水具有反应周期短、操作条件易于控制、管理简单等优点。生物接触氧化对COD有很好的去除效果，进水COD浓度不宜超过1000mg/L，否则会增加曝气时间和能耗，最终增加处理成本。
