医用纯化水一般是指应用于制药工业生产工艺用纯水，比如医用大输液制剂生产中直接接触药品设备、器具洗涤用水、洗瓶、配料、包装材料的淋洗等工序的用水要采用纯化水，医院手术室清洗器械、透析机用水都采用纯化水，其中输液制剂要求的纯化水标准更加严格，对纯化水设备的制水工艺、消毒工艺、流量、流速等都有严格的标准。
医药纯化水制备系统主要由交替排列的阳离子交换膜、浓水室、阴离子交换膜、淡水室和正、负电极组成。在直流电场的作用下，淡水室中离子交换树脂中的阳离子和阴离子沿树脂和膜构成的通道分别向负极和正极方向迁移，阳离子透过阳离子交换膜，阴离子透过阴离子交换膜，分别进入浓水室形成浓水。同时EDI进水中的阳离子和阴离子跟离子交换树脂中的氢离子和氢氧根离子交换，形成超纯水（高纯水）。
超极限电流使水电解产生的大量氢离子和氢氧根离子对离子交换树脂进行连续的再生。传统的离子交换，离子交换树脂饱和后需要化学间歇再生。而EDI膜堆中的树脂通过水的电解连续再生，工作是连续的，不需要酸碱化学再生。
医药纯化水制备系统配有软水器，可保证EDI系统和反渗透系统运行的稳定性，超低压反渗透的应用，提高了对原水的脱盐率，同时，还降低了能耗，一般现在使用的反渗透系统都是采用全自动方式进行控制的，主要元件均采用进口元件。采用的EDI系统配有恒压调节系统、紫外线杀菌和膜滤器，可以保证水质的稳定性。EDI流量计是纯化水系统必要的配备，可以预防因为浓水引起管道堵塞或者引起无浓水产水从而造成对膜堆的破坏。
