（1）生化反应池容积偏小，有效容积仅800 m3，以实际进水水质核算COD容积负荷为1.16 kg/（m3·d），NH3-N容积负荷为0.22 kg/（m3·d），此负荷对于生化性较好的生活污水偏高，对比文献中几个类似水质案例其负荷也偏高，对于生化降解性较差的炼油石化废水更是明显不合理，这是该站污水 处理长期不达标的主要原因。
（2）炼油废水水质因原油油品、产品调整等原因存在经常性波动，而活性污泥法工艺本身对炼油废水的冲击负荷耐受力不足，一次冲击往往导致系统数日无法正常运行。
（3）供氧装置采用穿孔曝气装置，陈旧、落后且破损较多，溶解氧传质效果差，曝气分布不均，实测溶解氧＜1 mg/L。
（4）合建式曝气沉淀池自身存在缺陷。这种曝气池的污水在池中短路机会多，实际水力停留时间往往仅为名义停留时间的1/5~1/3，实际属于短时曝气。此池型30多年前在国内曾一度流行，但在随后的实践过程中逐渐被淘汰、消失。
（5）未能提供硝化反应所需的佳pH环境，炼油废水在生化降解过程中，因硫化物被微生物氧化以及硝化反应，污水的pH很快由8.0~8.5下降到5.5~6.0，而硝化菌对pH变化十分敏感，其中亚硝酸菌和硝酸菌分别在pH为7.0~7.8和7.7~8.1时活性强，pH超出此范围，亚硝酸菌和硝酸菌活性就大大减少，当pH降到5~5.5时，硝化反应几乎停止。
