PE水箱采用PE材料生产制造，化学性能较优。，PE即聚，为聚合而成，不与大部分酸、碱发生反应，即使在高温作用下，对酸、碱也有着较优的抗性，能够用于盛装大部分酸、碱溶液试剂。
而不锈钢水箱对酸、碱的抗性一般，通常情况下只是用于盛装普通水质的水。
所以对于盛水而言，若是水中带有过多腐蚀性的酸、碱成分，使用PE水箱较之不锈钢水箱要许多。
在物理性能上，PE水箱在抗压、抗冲击、抗高温、抗低温、抗形变、抗应力开裂性、抗摔、耐磨等性能的上也较为优良。
但是相对而言，不锈钢水箱的抗压能力、硬度、强度等的较优。
所以若使用水箱用于调节压力的情况下，即对水箱的压强要求较大的情况下，使用不锈钢水箱要比PE水箱许多。且PE水箱一般的使用温度在-20℃至80℃之间，不锈钢水箱的抗高温性能也要较优，所以若用于盛装过高温度的水时，使用不锈钢水箱更为。
若使用水箱用于盛装饮用水，对水箱的卫生性要求便较为严苛。
PE水箱采用PE材料生产制造，PE材料是的绿色卫生原材料，属于树脂的一种，生产PE水箱中若不添加有污染性的添加剂，生产出来的PE水箱自然是绿色卫生无污染的，所以可以用于盛装饮用水。
而不锈钢水箱使用白钢进行生产制造，同理，若生产中不添加其他有害添加剂，生产出来的不锈钢水箱也能够用于盛装饮用水，同样不会对饮用水造成污染。
所以，关于PE水箱和不锈钢水箱的卫生性，在保证生产的卫生和添加剂的绿色卫生前提下，二者均可用于盛装饮用水，所以可以相互替换。
