湖泊水污染来源主要是两大类，一类是工业废水和生活污水的点源污染，一类是农业的面源污染。 细胞生长所需的大量元素主要是C、H、O、N、P，污水处理的一个主要任务是去除这些元素以防止细菌等微生物大量繁殖。其中H和O我们没有办法处理，所以生活污水处理中，我们主要处理的是C、N、P。C指有机物，一般以COD和BOD的形式表征，在生活污水处理中有机物的去除是比较简单的，通过活性污泥法培养大量细菌吃掉这些有机物，但是工业废水中由于含有大量难降解有机物，譬如含苯环的，通常较难处理。N和P又被称为营养元素，去除C之后，细菌一般难以大量繁殖，但是藻类等自养生物可以利用二氧化碳合成有机物，这时N和P就成为限制它们生长的重要因素，因为是合成蛋白质和DNA、RNA的必需元素。 当水体中富含有机物(C) 时，细菌大量繁殖，消耗水中氧气，造成水体厌氧环境，形成我们说的*，即发黑发臭，同时危害人体健康。当水体富含N、P时，藻类大量繁殖，消耗水中氧气，同时覆盖在水体表面，阻止氧气和阳光进入水体，危害鱼类繁殖，破坏水体生态。目前我国城镇生活污水的处理基本上了轨道，只是污水处理率和达标率还有待提高，而且N、P的去除效果也亟待提高。 而工业污水的处理还需要进一步规范化、体系化，尤其是乡镇企业。工业废水，如造纸、印染、电镀废水等，产生的难降解有机物和重金属有机物都是难以被生物降解的，故而可以通过生物链的富集作用直接危害人体健康。 与城镇工业废水和生活污水通过管网的集中排放不同，农业污染，譬如过量氮肥、磷肥、农业药剂以及牲畜养殖等，污染面广，浓度较低，难以集中处理，被称为面源污染或非点源污染。农业污染的后果主要是N、P过量造成的水体富营养化，其次农业药剂残留物也属于难降解有机物，会通过生物链的富集作用危害人体。 湖泊水污染主要问题或者说直观问题是富营养化，从这方面来说，农村面源污染的贡献已经大于城镇污水的点源污染了。目前比较严重的例子是太湖和滇池。治理措施 对于城镇工业污水和生活污水，由于是点源污染，可集中处理，即加大污水处理力度，禁止偷排等。就生活污水和大型企业来说，经济上都是可以负担的。小企业可以以工业园区的形式集中处理。对于农业面源污染，则比较难以控制。农村生活污水和牲畜养殖废水（其尿液、粪便含有高浓度氮磷）缺乏统一管网，目前还是我国污水处理的盲点，当然很多地方，尤其是重点治理的地方已经建立了农村污水处理示范工程。而农田的过量施肥和过量使用药剂，一般是通过地表径流进入河流湖泊。地表径流通过森林和湿地系统时，会被大量截留和截污，所以退耕还林、恢复和重建湿地对控制污染有明显效果。污染比较严重的河段，为了防止其进入已经污染的湖泊，通常采用截污分流、修改河道等。 对于已经污染的湖泊，首先是人工除藻，同时加入其他微生物抑制藻类生长等；其次是工程浩大的引水稀释、底泥置换等，会破坏湖泊生态系统；还有就是国外已经采用的化学沉淀、用泥土覆盖底泥等方法，将营养盐控制于湖底。总的来说治标不治本，治本还是要控制污染源。湖泊水质污染是可逆的，但是很慢，也没有一招见效的办法，病去如抽丝，环境污染治理也是这样。但是病来并不如山倒，事实上污染问题也是一个慢慢累积的过程，只不过山倒之前我们都没有意思它要倒了，近几年出现的很多环境热点问题，如雾霾，其实之前已经非常严重，但我们都没有意识到而已，等意识到了就想要马上治理好也是不可能的。但是要我们环保意识能有所提高，随着政府环保政策的完善和力度的增强，水污染问题得以优化也能指日可待。
