Ultrapure 100 Buffer Set提供的用于交换树脂的缓冲液，经验证其所含内毒素含量均低于10 EU/ml（BioWhittaker Kinetic-QCLTest验证）。

纯化的质粒DNA中的内毒素污染水平取决于纯化方式。硅胶纯化的DNA表现出*的内毒素污染水平。使用QIAGEN、QIAfilter和HiSpeed的质粒DNA纯化试剂盒，以及通过两次CsCl超速离心所制备的DNA纯度很高，内毒素污染水平相对较低。QIAGEN Ultrapure 100 system含有内置的内毒素去除步骤，纯化得到的质粒DNA的内毒素含量低于0.1 EU/µg。

内毒素，也被称为脂多糖或LPS，是大肠杆菌等革兰氏阴性菌细胞膜的组成成分之一（参见Bacterial cell wall）。在质粒纯化的裂解过程中，内毒素释放出来，对于内毒素敏感的细胞系，可严重降低其转染效率。另外内毒素会与DNA竞争转染试剂，影响质粒DNA的摄取量。内毒素还会诱导巨噬细胞和B细胞等免疫细胞发生非特异性免疫活化反应，导致对转染结果的错误解读，包括诱导合成蛋白质和脂质，如IL-1和前列腺素。总的来说，内毒素在转染反应中是不可控变量，影响反应结果及结果的重复性，使结果难以比较和分析。在基因治疗研究中，内毒素会导致内毒素休克综合症和补体级联反应，影响研究结果。

Ultrapure 100 Buffer Set配合Ultrapure 500 Resin纯化的质粒DNA，其纯度相当于两次CsCl梯度离心所纯化的DNA的纯度。简单的内毒素去除步骤可确保纯化的DNA所含内毒素不超过0.1 EU/µg DNA。纯化的DNA适用于多种敏感的应用，包括：

质粒介导的基因沉默

转染

基因治疗研究