EndoFree Plasmid Buffer Set将高效的内毒素去除步骤整合到质粒纯化过程中，不需要额外步骤，也不需使用亲和柱去除脂多糖。通过QIAfilter Cartridge过滤细菌裂解液，通过重力流QIAGEN-tip阴离子交换技术纯化质粒DNA。

EndoFree Plasmid Kits去除细菌在裂解过程中释放的内毒素，内毒素会影响原代细胞和敏感培养细胞的DNA转染。从EndoFree Plasmid Kits得到的无内毒素DNA高度适用于可重复且结果可靠的转染（参见Plasmid purification method versus transfection efficiency和Plasmid purity versus transfection efficiency及表"Endotoxin levels in plasmid preparations"和"EndoFree DNA yields high transfection efficiencies with primary cells"）。QIAGEN超纯无内毒素DNA也适合基因治疗研究和其他敏感应用。

纯化的质粒DNA内毒素污染水平取决于所用的纯化方法（参见"Endotoxin levels in plasmid preparations"）。硅胶技术纯化的DNA具有非常高的内毒素水平。QIAGEN、QIAfilter、HiSpeed Plasmid Kits和两次CsCl超速离心可获得相对低水平内毒素的纯DNA。EndoFree Plasmid Buffer Set包含完整的内毒素去除步骤，获得<0.1 EU/µg的质粒DNA。

QIAfilter、HiSpeed和EndoFree Plasmid Kits提供的QIAfilter Cartridges是特殊设计的过滤装置，用于代替细菌细胞碱裂解后的离心步骤。QIAfilter Cartridges可*去除SDS沉淀，清除细菌裂解液，相比离心可大量节约时间，减少1小时的质粒纯化时间。QIAfilter Cartridges（不提供EndoFree Plasmid Buffer Set）可轻松有效的澄清细菌裂解液。

QIAGEN-tips中*的阴离子交换树脂（不提供EndoFree Plasmid Buffer Set）专为核酸纯化而开发。它的分离性能使得DNA纯度与连续两次CsCl梯度离心获得的DNA纯度相当。由重力流驱动并持续运转的预装QIAGEN-tips，zui大限度减少手动制备质粒所需的时间。整个QIAGEN质粒纯化系统不使用有毒物质，如*，氯仿，溴化乙锭和CsCl，zui大限度地减少对用户和环境的危害。

内毒素，又称脂多糖或LPS，是革兰氏阴性菌细胞膜的组成部分，如大肠杆菌（参见Bacterial cell wall）。内毒素在质粒裂解纯化过程中释放，并显著地降低对内毒素敏感的细胞株的转染效率（参见Plasmid purification method versus transfection efficiency和Plasmid purity versus transfection efficiency）。此外，内毒素与DNA竞争“自由”转染试剂，影响转染实验。内毒素也诱导巨噬细胞和B细胞等免疫细胞中的非特异性免疫反应，从而导致转染结果的误读。这些反应包括诱导蛋白质和脂类，如IL-1和前列腺素的合成。总体而言，内毒素在转染实验中是不可控变量，影响结果的可重复性，使它们难以对比、解读。在基因治疗研究中，内毒素可造成内毒素休克综合症和激活补体级联，干扰研究。

在碱性条件下，细菌细胞裂解，使用QIAfilter Mega-Giga Cartridge清除粗裂解物。将Endotoxin Removal Buffer加入到过滤后的裂解液中。冰浴后，将纯净的裂解物上样到阴离子交换柱上，在适当的低盐和pH条件下，质粒DNA选择性结合。用中盐缓冲液清除RNA、蛋白质、代谢产物和其他低分子量杂质，超纯质粒DNA被高盐缓冲液洗脱（参见QIAGEN Plasmid Kit procedures）。DNA由异丙醇脱盐、沉淀并且离心回收。

使用EndoFree Plasmid Kits纯化的DNA适合多种敏感的应用，包括：

转染，包括原代、敏感和悬浮细胞的转染

基因治疗研究 

基因沉默 

显微注射