基因筛选是经典的生物学研究方法，常用于鉴定在生物学过程中起作用的基因。十多年来RNAi一直是这一领域的*，然而新兴技术的涌现（尤其是CRISPR技术）正在逐渐瓦解RNAi的统治地位。那么，在RNAi和CRISPR筛选之间我们究竟应该如何抉择呢？斯坦福大学的研究人员对这两种技术进行了全面比较。
细菌一直在与病毒或入侵核酸进行斗争，为此它们演化出了多种防御机制，CRISPR/Cas适应性免疫系统就是其中之一。规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，可以在引导RNA的指引下，靶标并切割入侵者的遗传物质。这种特性使CRISPR系统成为了基因组编辑和基因功能研究的实用工具。举例来说，研究者们可以利用CRISPR/Cas9抑制目标的转录。
RNAi一般是向细胞引入siRNA或者shRNA，让细胞降解相应的mRNA，通过功能缺失表型来进行基因筛选。研究人员将RNAi和CRISPR/Cas9用于人类慢性粒细胞白血病细胞系K562，平行筛选影响细胞生长速度的必需基因。他们通过慢病毒将shRNA和sgRNA文库分别引入细胞，观察细胞呈现出的表型。研究显示，RNAi和CRISPR/Cas9的筛选性都很高。不过这两种技术筛选出来的基因并不相同，而且CRISPR鉴定出的必需基因更多。
这两种筛选方法鉴定的生物学过程可能并不相同。将RNAi和CRISPR数据结合起来，可以更加全面地认识生长调控基因。研究者们也可以根据这两种技术的偏好做出正确的选择。
加州大学旧金山分校的研究团队通过建立超复杂混合shRNA文库，在很大程度上克服了RNAi用于全基因组筛选时的脱靶效应。他们通过系统改良进一步增强了shRNA的活性，向人们展示了靶标人类和小鼠基因组的新一代shRNA文库。研究表明，新一代RNAi文库在测试中的表现与CRISPRi旗鼓相当。
