当一些基因协同起作用时则变得更加的困难，因为不能逐个而必须成对地对它们进行分析。例如，与癌症相关联的近1,000种基因可以组合成大约50万个基因对，每个都有可能代表了一个协同作用肿瘤驱动子。如此庞大的数量向我们的统计学工具提出了挑战，并需要*的系统生物学方法。”
“前列腺癌尤其具有挑战性，因为它具有各种临床表现，却只有相对较少的共有遗传突变，”Abate Shen说。
因此，为了找出驱动前列腺癌的关键基因，这一哥伦比亚大学研究小组设计出了一种新的实验方法，他们利用一些计算方法比较了人类和转基因小鼠模型中驱动前列腺癌的基因调控网络。
在许多癌症研究中，研究人员依靠小鼠模型来鉴别出在疾病中表达的基因。“然而物种之间的一些遗传差异使得难以将小鼠中的研究发现延伸到人类身上，”Abate-Shen博士说。
Califano 博士说：“通过追踪两个物种中这些肿瘤的调控关系，我们鉴别出了相同的恶性前列腺癌驱动基因，发现它们并不作为单独的驱动因子发挥作用，而是一起作为成对的协同作用驱动因子起作用。”
利用世界上zui大的癌症研究超级计算机，解析结果鉴别出了FOXM1和CENPF是小鼠和人类侵袭性前列腺癌的一个成对协同作用驱动子，这些调控因子共同控制了与两个物种中zui显著的肿瘤标志相关的一些遗传程序。两个基因单独出现异常表达并不会激活这些程序。而当共同起作用时，两个基因严重破坏了癌细胞，将其转变为非常具有侵袭性的肿瘤。
为了验证FOXM1和CENPF的作用，研究人员在4种人类前列腺癌细胞系中逐个及共同沉默了基因的表达。单独沉默任何一种基因都只会对细胞的肿瘤形成能力造成轻微的影响。而共同沉默两个基因则可立刻*终止小鼠体内的肿瘤生长。这一观察结果与协同相互作用相一致，表明两个基因的联合作用远远大于它们单独效应的总和。
研究人员随后对接受了前列腺切除手术的900多名患者的前列腺癌进行了分析。分析结果显示FOXM1和CENPF共表达与zui差的疾病预后之间存在惊人的相关性。与此形成鲜明对比的是，任一基因表达均与侵袭性疾病不相关。此外，两种基因均无异常表达的肿瘤具有的预后。
