这项研究发现了肝细胞癌中基因组变化的不同模式，影响着这种疾病的重要参与因子。除了普通的点突变、结构性变异和甲基化变化之外，还有几种病毒相关的变化，包括基因中断或激活、嵌合病毒-人转录本形成和DNA拷贝数变化。如此多的基因组事件，可能有助于这种疾病的异质性。
肝细胞癌（HCC）是癌症相关死亡的第三大原因，五年存活率小于10%。尽管每年有超过600,000新病例被确诊，但是还没有有效的靶向治疗方法。HCC是高度异质性的，并与各种致病因素有关，包括乙型肝炎病毒（HBV）或丙型肝炎病毒（HCV）感染、饮酒和暴露于*和可能的氯乙烯。
zui近的基因组学研究揭示出一些新发现，包括TP53的频发突变、Wnt信号成分CTNNB1和AXIN1、染色质调节因子如ARID1A和ARID2，以及靠近TERT、CCNE1和MLL4的HBV整合。这些研究在发现频繁改变的基因方面存在不同，可能是由于研究组较小（25名患者）和HCC固有的异质性（由于几个相关致病因素）。例如，激活CTNNB1突变与HBV感染是相互排斥的，因此在一个HBV感染患者居多的队列中不会太突出。因此，不同研究在低频度人群中发现不同的基因，就不足为奇，如ARID2、ARID1A和JAK1。构造HCC完整突变景观的另一个困难是，大多数的先前研究具有集中性，因为对于一项单一研究来说，全面的检测多种类型的基因组变化（包括点突变、缺失、结构变化和病毒介导的基因突变）并不常见。
先前的研究表明，HBV DNA经常融入人类基因组中，引起不同的变化，如DNA拷贝数变异、嵌合病毒-人类转录本融合和转录激活。考虑到HBV整合的破坏性，研究同样情况下基因组变化的所有模式，是比较中肯的。
在这项研究中，研究人员联合使用全基因组、外显子组和转录组测序，对42名HCC患者进行深度测序，以确定HCC的突变景观。研究发现了LAMA2基因中的多个高等位基因频率突变。LAMA2基因编码层粘连蛋白（基底膜的主要成分）的α亚基。除了作为细胞外基质的一个结构组分以外，基底膜还可以影响细胞的增殖和分化。有缺陷的层粘连蛋白锚定在癌症中是很普遍的。
突变在细胞外基质组分（如LAMA2）中的高发生率，为这种相当复杂的疾病的潜在遗传组分打开了新的一面。研究人员还发现了两名携带IDH1突变的患者，以及一名携带缩短IDH1的患者。
肿瘤抑制因子BAP1在两名患者中发生突变。以前的研究表明，HBV可随机整合到人类基因组中，导致几种基因组和基因变化。这项研究报道了8名HBV感染者中的HBV整合，包括以前报道的3个基因（TERT、CCNE1和MLL4）附近的整合。除了HCC中突变的个别基因之外，该研究还检测了这种异质性疾病中基因组改变的不同模式，描述了有助于肝脏肿瘤发生的两种常规突变和病毒相关变化。
