虽然科学家们一直都知道细菌就是肠道微生物的主要组成部分，但是越来越多的研究发现这个过程十分复杂，不同生物体内的微生物有时能联合起来一致对外，有时又会互相厮杀。一项研究表明一种新发现的原生动物能保护其宿主小鼠，不会受到肠道菌群的感染。
这一研究成果是一个偶然且重要的发现，研究表明分析微生物不能局限于细菌，这至关重要。我们时常忘记微生物其实并不仅仅就是细菌，这个概念包括细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生动物等在内的一大类生物群体，之所以称为微生物，是因为它们个体微小，与人类生活密切相关。因此微生物是比细菌更大的类群，记住这一点也许你也能获得与Merad一样的重要发现。
zui初研究人员意识到这一点是因为，他们发现他们自己培养的小鼠肠道中的免疫细胞，要比外面供应商买回来的小鼠肠道中免疫细胞要多。实验室研究生想要看看这到底是为什么。所以他们对两组小鼠进行了肠道清洗和研究，结果惊讶的发现西奈山本身培养的小鼠肠道中有鞭毛原生动物（flagellated protozoa，生物通译），之后通过DNA测序，研究人员解析了这种原生动物，这是一种新的原生动物寄生虫，他们将其命名为 Tritrichomonas musculis （T.mu）。
进一步的研究表明，当将这种原生动物加到原来没有它的小鼠体内，这些小鼠也会增加肠道中的免疫细胞数量，以及炎症细胞因子的数量。就此研究人员开始深入探讨其中的分子机制，他们发现 T.mu 能激活小鼠肠道上皮细胞中的 炎症小体（inflammasome ），从而激活细胞因子。炎症小体是由胞浆内模式识别受体(PRRs)参与组装的多蛋白复合物，是天然免疫系统的重要组成部分。此外研究人员还发现树突状细胞也是诱导炎症反应的必需成分。
为了确定肠道中 T.mu 会影响小鼠抗击感染的抵抗力，研究人员又用沙门氏菌感染小鼠，发现肠道中具有 T.mu 的小鼠对沙门氏菌感染具有*的抵抗力，这一物种的保护作用非常惊人。
T.mu与dientamoeba fragilis（脆双核阿米巴）同源，后者是在许多人体肠道中都发现过的寄生虫，不过研究人员并不清楚是否这种寄生虫也具有相同的包含作用。
从发达国家去到新兴城市旅游的旅客很容易出现肠道感染，这可能是原有土著人群肠道中存在原生动物，能保护他们。
对抗病原体的战斗决定了人类的生死存亡，只有免疫系统更强的人才能存活下来。这可能就是微生物组参与进化的一大原因，因此找到能加强免疫力的菌群，并用于治疗研发中，十分重要。
