上海友腾生物科技有限公司

小麦Southern杂交分析方法

时间:2014-3-11阅读:514
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  预杂交液的制备:根据要杂交的膜的数量配制预杂交液,每25ml预杂交液(1~2张膜)的成分组成如下:
  
  H2O15ml
  
  20×SSPE6.25ml
  
  50×Denhardt2.5ml
  
  10%SDS1.25ml
  
  100mg/ml鲑鱼精DNA(缓加)400ml
  
  1、取适量小麦基因组DNA,用适量的限制性内切酶消化*(约5U/mgDNA,酶切12h左右),取少量电泳检测酶切*性;然后依次用酚:氯仿和氯仿:异戊醇抽提,乙醇沉淀。而后溶解在20mlTEBuffer中;
  
  2、在1%的琼脂糖凝胶上电泳10~12h,电压为3V/cm;
  
  3、电泳完毕后,将胶转入EB染色液中,染色10min,紫外灯下检测酶切结果;
  
  4、将胶转入500ml0.25N的HCl中,脱嘌呤15~30min,直至溴酚蓝变黄,用水洗一下;
  
  5、0.4N的NaOH处理20min。与此同时,尼龙膜在超纯水中润湿后,在0.4N的NaOH中泡5min以上;
  
  6、将凝胶翻转后放在滤纸桥上,放上一张与凝胶大小相当的尼龙膜(Hybond-N+,Amarsharm),赶除气泡,在膜上放3层滤纸,与尼龙膜大小相同,赶除气泡,将凝胶周围用胶片封好,放上大小相当的吸水纸,压上约500g的重物,转膜10h以上,其间更换吸水纸;
  
  7、标记点样孔一角,然后放在2×SSC中浸泡10min,并进行轻微震荡。用滤纸吸干,保鲜膜包好,置4℃存放备用;
  
  8、利用HYBAID固相杂交仪进行预杂交、杂交。杂交瓶中根据膜面积大小,加入10~20ml预杂交液,预热到65℃,然后放入尼龙膜。65℃,预杂交5~6h;
  
  9、采用Takara公司RandomprimerDNAlabelingkit进行探针标记,取适量待标记的DNA。片段和Randomprimer2ml,加入ddH2O至终体积14ml,95℃变性3min后立即冰浴5min,瞬时离心。然后在此管中,依次加入:
  
  10×buffer2.5ml
  
  dNTPMixture2.5ml
  
  Klenow酶1ml
  
  α-32P-dCTP5ml
  
  轻轻混匀,37℃反应30min~1h。然后65℃反应5min,95℃反应3min后迅速置于冰上冷却;
  
  10、将变性后的探针加到预杂交液中,继续于65℃杂交约12h;
  
  11、用2×SSC/0.5%SDS洗膜液于65℃洗膜15min,重复1次。然后,再用0.2×SSC/0.5%SDS洗膜液于65℃洗膜15min,重复1次;
  
  12、检测杂交信号与背景情况,直至探测器探测的信号为10个counters左右,用滤纸吸干杂交膜,用保鲜膜包好,压磷屏;
  
  13、尼龙膜可以反复进行分子杂交,去除尼龙膜上原杂交探针的方法如下:将0.1×SSC/0.5%SDS洗液加热到100℃,放入杂交膜,在大于95℃条件下洗5min,重复3次,将洗好的杂交膜放入2×SSC中漂洗5min,滤纸吸干,保鲜膜包好,4℃存放。
  
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