在人类基因组已被测序出来的今天，生命科学zui热门的领域之一就是人类蛋白质组﹝proteome﹞。美国伊利诺斯大学﹝University of Illinois﹞的研究人员日前研发了一项技术，可以快速地将这些蛋白质测序并进行相关的分析。伊利诺斯大学化学教授Neil Kelleher表示，要测出基因中带有的成千上万种蛋白质的序列及功能，需要新的分析技术。尤其是用高分辨率的串联质谱数据从数据库里找到完整的蛋白质以及将预测的蛋白结构和实际的功能蛋白相结合。传统上以质谱仪分析蛋白要进行氨基酸的质量测定，不如现在这种直接分析蛋白质离子﹝direct fragmentation of protein ions﹞的方法有效率。
一开始Kelleher教授和他的学生以两种基因已破译的典型的生物来进行分析：基因组相当简单的肺炎支原体﹝Mycoplasma pneumoniae﹞、以及生活在温度近沸点深海海床的原始微生物甲烷球菌﹝Methanococcus jannaschii﹞。这个系统可以同时获得多种蛋白的分析资料，研究人员将这些资料与计算机数据库中预设的搜寻模式进行比对，发现M. jannaschii有约 3500个蛋白都与基因组序列符合。这个方法应也可用于自人类基因组中预估出来的上百万个蛋白。这项技术的相关报导刊载于十月Nature Biotechnology杂志，Kelleher教授表示，这项技术在"后基因组时代"中是一项非常有力的分析工具。
这项新技术结合了傅利叶变换质谱分析仪﹝Fourier-Transform Mass Spectrometry﹞、电喷雾质谱﹝electrospray ionization﹞和其它分离技术。系统中心是一块以液态氮冷却的超导磁石，旁为真空系统和质谱仪。这种新型磁石可取代旧型机器中十二吨的钢，四周以一反向磁场﹝counter-propagating magnetic field﹞加以屏蔽，以免磁石受到外在磁场影响，而磁石中心的磁场强度高达9.4特斯拉﹝tesla﹞。 
处理过的蛋白样本喷入真空系统之后送入磁场开始旋转，依照质量与价位的不同，会产生不同的旋转频率。研究人员逐步增加旋转半径，zui后通过质谱传感器，由计算机进行分析以定出蛋白的资料。这整个程序都已自动化。