设备的使用问题需重视，为了确保设备的正常使用，使用全排风生物安全柜一般应遵循下列的原则：
(1)超净工作台≠生物安全柜。超净工作台看似和生物安全柜非常相似，但超净工作台只保护工作区的样品免受外部环境污染，并不能保护操作人员。
(2)请勿使用生物安全柜处理有毒、易燃、易爆等材料。
(3)应避免使用明火。因明火产生的热效应会干扰生物安全柜操作区内的气流稳定，且火焰热气会影响滤器的寿命。如必须使用，可根据需要选取即用即燃式灭菌器具或微型接触式燃烧器。
(4)请勿在生物安全柜内摆放过多物品，否则会影响安全柜气流和安全性能。
(5)合理选择生物安全柜的安装地点。应当尽量远离外部气流干扰因素，例如门窗、空调通风口、人员过道以及其他实验室气流干扰设备(安全柜、通风橱等)。
(6)生物安全柜中一般不需要紫外灯。如果使用紫外灯的话，应该每周进行清洁，以除去可能影响其杀菌效果的灰尘和污垢。
(7)在安全柜使用前后，请按照程序为安全柜进行表面除菌。使用适当的消毒剂，例如70%的异丙醇溶剂擦拭安全柜的工作区表面，包括前后的近期格栅。
(8)注意安全柜自净周期。开启关闭安全柜时，让安全柜自主运行3-5分钟的自净周期。这个自净程序可以清除安全柜的工作区域内可能存在的经空气传播的污染物。
(9)确保安全柜在工作时前窗处于正确的额定操作高度。
(10)正确着装为操作中提供必要保护。当进行高危险性操作，例如生物安全水平2+到3级操作时，应选用长袖、背面开口的*和两副手套，并确保外层手套套住*袖口。不能有暴露在外的肌肤。
(11)在安全区域内进行操作。切勿阻塞工作区前后的通风格栅。尽量在工作区的中心部位进行操作。
(12)遵循清洁区到污染区的操作原则。生物安全柜的工作区应该被依次划分为三个区域：清洁区、工作区和污染区。生物危害性废弃物袋应放置在污染区内；实验仪器和样品应放置在工作区域；而实验供给品应放置在洁净区内。在工作台面上的实验操作应该按照从清洁区到污染区的方向进行。
