由于此质体为multiple copies，一般大肠杆菌菌株中lac repressor的含足以有效地进调控，纵使未加入inducer，也会有外源蛋白质的表现，万一外源蛋白质对寄主造成毒害，使的无法生长，我们可能表现质体无法选殖到，无法达成我们的实验目的。 我们所选用的寄主菌株JM109 所具有的 lacIq，能够过表现 （overproduce） lac repressor，因此可较有效地控制T5 promoter的启动。 然而，是JM109 这一类带有lacIq的菌株发生问题时，就必须再换其它的寄主菌株；如M15[pREP4]，此菌株除染色体上的lacI基因外，还带有能持续表现lacrepressor的质体，应可解决lac repressor 足的问题。
检定载体上是否接上外的DNA 段，常因质体同而有同方法，一般常用外DNA 片段的插入导致载体某表现形的丧失 （insertional inactivation） 作为筛选的依据；或者可用插入的DNA 上带有宿主所缺少的表现型进筛选。载体与插入DNA 皆无适当的筛选依据，则可将菌中的质体抽出后，以限制酶作用后进电泳分析。而我们实验中所用的质体pQE31，并没有简快速筛选重组质体的方法可用，因此需要用GUS 的抗体进colony hybridization，寻找可表现出GUS的转形株；或在培养基中加入GUS 的基质，转形株可表现出GUS，则可将基质分解使菌呈现蓝色；或以质体快速抽取法，筛选带有正确分子质体的转形株。 三种方法请练习，得到的正反应株均必须再抽取质体进限制酶分析，以进一步确认质体的正确性。