我们将噬菌体展示技术和蛋白酶解（proteolysis）相结合，从蛋白质—噬菌体混合物和文库中筛选出稳定折叠的变异体。该方法的前提是不稳定的和（或）部分折叠的蛋白质应该比稳定折叠的蛋白质对蛋白酶的酶切更加敏感，将这与噬菌体展示技术相结合来实现如后所述的筛选。目标蛋白在N端用*标签标记，然后在C端与噬菌体少数衣壳蛋白pⅢ融合后在噬菌粒载体中被表达出来，形成单价展示。

我们实验室开发的蛋白酶筛选方法的原理：
展示了蛋白质的噬菌体通过N端的*标签与镍基质结合（步骤1）；

用蛋白酶处理结合后的噬菌体，展示了对蛋白酶作用敏感的蛋白质的噬菌体被从基质上切除，并被洗涤下来（步骤2）；

然后从镍基质上将展示了蛋白质的、能抵抗蛋白酶作用并因此保持与基质结合的噬菌体洗脱下来（步骤3）；

将这些噬菌体扩增，以供进一步的筛选或DNA序列测定（步骤4） 用噬菌体展示进行蛋白酶筛选的两种方法的对比：

（a）我们实验室开发的基于亲和性的方法；

（b）Plackthun/Schmid小组和Winter小组描述的将蛋白质的酶解和噬菌体的感染力相结合的方法