早期的研究都认为，今天的美洲原住民都是在1.5万年前从白令海峡的大陆桥，从东北亚迁入北美洲并定居下来的，因此美洲原著居民应该有单一的共同祖先。而部分北美原住民和北冰洋的原住民则可以追溯到更近几次的迁徙潮。而古生物学基因组分析显示，*个人美洲人祖先可以上溯到1.26万年前，而其线粒体基因组分析显示，线粒体DNA可能还可以追溯到1.3到1.45万年前。然而，新的研究似乎并不支持这个理论。

美国马萨诸塞州哈佛医学院的David Reich 及同事zui近在《Nature》上发表的一篇研究文章指出，美洲原住民的起源比之前所认为的更多样、更复杂。这个联合课题组分析了，中美洲和南美洲的21个美洲原住民人群的63个个体，以及来自在世界范围内的197个非美洲人群的全基因组数据。因为在哥伦布发现美洲大陆之后，有了欧洲人和非洲人进入美洲，使得想要找到没有混合着欧洲人和非洲人的基因组还是存在难度。这次研究设计的21个美洲原住民人群中的个体都有所选择，都是没有明显发现欧洲人和非洲人遗传特性的个体。通过基因组数据的比对，他们找到了美洲先祖人群的构成比以前人们所接受的构成更为多样化的证据。

现在发现的早期美洲人的骨骼形态与亚洲人骨骼形态存在很大差别，然而却与澳洲土著人的骨骼形成存在一些共性。基于这个发现，可能意味着相比于欧亚人种，美洲人可能更可能是源于澳洲土著人的后裔。基于全基因组的数据分析，一些亚马逊美洲原住民，可能并不来自亚洲，而可能是澳大利亚、新几内亚、安达曼岛以及南亚一些岛屿上的土著人的后裔。对于这些亚马逊原住民，其基因组与澳洲土著人的相似度甚至比和其他美洲人的基因组相似性更高。这种基因组相似性在美洲人群中有不同的程度，比如在中美洲和北美洲原住民中这种相似度较低，这可能意味着更加多元化的美洲原住民起源的理论应该被广泛接受。

关于南美洲祖先是何时到达、怎样到达南美洲的，一直都是人类学家关注的重要问题。而早期大多数遗传研究都表明，zui早定居美洲的是来自欧亚地区的单一先祖人群，但形态研究和基因组分析却对此提出了质疑。现在的证据更支持美洲原住民起源至少有两个先祖，一个是来自东北亚的亚欧人群，另一个人是来自澳大利亚及其周边区域的土著人。关于更加详细的人群迁徙，则需要更加深入地比对美洲不同区域人群的基因组数据，未来有可能逐渐揭开美洲原住民起源的神秘面纱