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目前法院等司法机关选定鉴定机构主要采用如下三种方式进行：
一、由司法机关指派，常见于法院指派：条件是原、被双方都同意由法庭指派，如果成立，法庭可以选择任何一个有资格的鉴定机构。这种方式的优点是法庭可以选择水平高、信任度强的鉴定机构，使法官在审判中更易把握。
二、采用随机摇号选择：条件是双方没有要求相同的鉴定机构，则由法院摇号。这样做的优点在于选择面宽，随机性更大一些。而缺点在于参与摇号的鉴定机构虽然同属一个执业资格类别的鉴定范围内，但是各个鉴定机构分别都有自己擅长的方面，如果将某一专业领域的案子通过摇号的方式选定并非这一领域专长的鉴定机构进行鉴定，终损害的可能还是双方当事人自己的利益。
三、当事方共同选择：条件是双方都要求去一家选择的鉴定机构去鉴定，如果成立，法庭必须指派这个机构，不能自由选择。优点是非常公平，双方都能够接受。但由于在诉讼活动中，争议事宜的当事方一般矛盾尖锐而对立，因此让他们达成一致共同的难度相对比较大，在中科检测产品质量鉴定中心的过往鉴定实践中，采用这种双方共同确认鉴定机构的案例只有*的几例。
无论是采用那种方式确定相关案件的鉴定机构，鉴定机构都必须向委托方（司法机构、当事人）提供客观、公正、科学的鉴定意见。如果当事人对鉴定结论有异议或者人民法院认为鉴定人有必要出庭的，鉴定机构也有义务安排鉴定人出庭质证或者对相关问题进行书面答疑。
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