医院污水经处理与消毒后，应达到下列标准：一、连续三次各取样500毫升进行检验，不得检出肠道致病菌和结核杆菌。
总大肠菌群数每升不得大于500个。
当采用氯化法消毒时，接触时间和接触池出水中的余氯含量，应符合表2·02的要求：
污水处理构筑物中的污泥，必须经过无害化处理，污泥排放时应达到下列标准：
蛔虫卵死亡率大于95%；二、粪大肠菌值不小于10－2；三、每10克污泥（原检样中），不得检出肠道致病菌和结核杆菌。
当污泥采用高温堆肥法进行无害化处理时，堆肥的温度必须大于50℃，并应持续5天以上。

无上、下水道设备或集中式污水处理构筑物的医院，对有传染性的粪便，必须进行单独消毒或其它无害化处理。第2．0．6条医院污水经处理和消毒后，其所含的污染物质与有害物质的含量应符合现行的有关标准的要求。
新标准
1、新标准对医院产生的污水、废气和污泥进行了全面控制，在强调对含病原体污水的消毒效果的同时，兼顾生态环境安全。
2、在生物指标上，新标准对排入下水道与排入水体的医院污水提出不同要求。新标准严格区分医院性质，同时根据污水去向分为两个等级，并在原有标准基础上提出严格的控制各级指标。
3、新标准考虑了消毒效果和生态安全性问题，针对不同性质医院及污水去向对消毒时间和余氯量均作了明确规定，严格了余氯标准的上限。
4、在理化指标方面，对排入地表水体的医院污水和传染病医院污水的COD、BOD5、SS、动植物油、石油类、阴离子表面活性剂等指标都在原有标准基础上进行了严格的控制，以增强污水处理系统的抗风险性。考虑氨氮也消耗消毒剂，对氨氮也提出了严格的要求。