所谓探针，一般是指用来检测某一特定核苷酸序列或基因序列的DNA片段或RNA片段。但要使探针DNA片段能实际应用，必须使DNA或RNA分子带上可识别的信号标志，以便跟踪观察探针与其同源的核苷酸序列发生杂交反应的位置，被探测DNA或RNA片段上的大小、杂交信号的强弱等。目前应用zui多的是核素标记方法或非核素标记方法。
根据探针核酸的不同来源可将探针分为eDNA探针、基因组DNA探针、寡核苷酸探针和RNA探针。
1．cDNA探针 通过反转录获得cD—NA后，将其克隆于适当的克隆载体，通过扩增重组质粒而使eDNA得到大量扩增。提取质粒后，用限制酶消化重组质粒，将cDNA片段切割下来，分离纯化，即可作为探针使用。cDNA探针是目前应用的一种探针。
2．基因组DNA探针 从基因组文库中筛选得到一个特定基因（或基因片段）的克隆后，大量扩增、纯化，切取插入片段，分离纯化，即可作为探针使用。基因组DNA探针含有内含子序列，但也可以仅仅使用某一内含子序列作为探针。
3．RNA探针 采用基因克隆和体外转录的方法可以得到RNA或反义RNA，作为探针使用。将目的基因克隆到带有SP。或T，启动子的质粒中，插入到启动子下游，用适当的限制酶在插入序列的下游切断质粒使之线性化，加入RNA聚合酶、ATP、GTP、CTP和[a—32P]—UTP，以目的基因的DNA为模板，转录合成出高放射性的RNA探针。
4．寡核苷酸探针 根据已知的核酸序列，采用DNA合成仪合成一定长度的寡核苷酸片段，亦可作为探针使用。若不知核苷酸序列，可根据蛋白质的氨基酸序列推导出核酸序列，合成相应的寡核苷酸片段作为探针。此种情况下需要考虑到密码子具有简并性，采用推导的序列制备探针，其特异性可能不够高。寡核苷酸片段长度在十几个核苷酸以上就能作为杂交探针。
