zui近的研究表明，HIT患者体内的致病性自身抗原主要识别一种由异种粘多糖、肝素、内源性蛋白和血小板因子4（PF4）组成的复合物，但这种复合物的具体结构和表位还不清楚。
肝素是一种天然产生的氨基葡聚糖，是由肝素蛋白转录后糖基化修饰而形成。肝素的非硫酸化前体主要由D-葡萄糖醛酸和N-乙酰半乳糖胺残基交替构成，经过N端去乙酰化、N端硫酸化、差向异构化和O端硫酸化后形成活性多聚体。这些结构上的修饰程度不*相同，因而在每条多糖链上形成了不同数量的硫酸二糖单位。具有抗凝血活性的肝素含有一种特殊的五糖序列，这一序列可以与*、抗*Ⅲ（AT-Ⅲ）的重要结构性氨基酸残基结合，结合后可以引起AT-Ⅲ可逆性变构，以使其对诸如*、*FIXa和Xa等*蛋白酶反应的Km值降低。肝素分子通过在同一多糖链上结合抗*抑制物和蛋白酶、形成三元复合物来增加AT-Ⅲ分子的活性。商品化肝素主要由牛或猪的肺、肠内肝素经酶解、盐析和凝胶色谱分离后得到。它是一种异源性的混合物，由分子量为5～30kD的多糖链（平均分子量为15kD且平均链长度为50个单糖残基）构成。然而，在人体内只有大约1／3的商品化肝素样品与AT-Ⅲ高亲和性结合并发挥活性。分子量为1-10kD的低分子量肝素（LMWH）可以通过酶解或化学解聚而产生，它可以保留抗Xa活性，但却不能直接抑制*。
血小板因子4（PF4），是一个由70个氨基酸肽组成的分子（分子量为7800）；它由巨核细胞产生后储存于α-粒血小板中，当血小板激活时释放出来。除了拮抗胞质内肝素的活性外，PF4是中性粒细胞、单核细胞和成纤维细胞的趋化因子，在体外是血管生成和巨细胞缺乏症的一种抑制因子。利用PF4对肝素的高亲和性，可以从体液中纯化出PF4。基因重组型PF4可以在K．coli里表达并保留它天然蛋白的生物活性和抗原特性。PF4分子与肝素的结合区主要在其C末端（由一个。螺旋与两个紧密连接的赖氨酸-赖氨酸残基组成）。PF4分子还可与其他阴离子性的氨基硫酸盐葡聚糖结合，只是亲和力要较肝素为低。而肝素分子上与PF4的结合区并不包括与AT-Ⅲ结合的五糖序列，但这一区域包括一段长为6个单糖的微小链。PF4与肝素结合的效率可以随着低聚糖链的长度的增加而增加。
肝素／PF4复合物产生的HIT抗体对肝素／PF4复合物的亲和力要远大于对每一单个成分的亲和力，这可能是由于复合物在形成过程中改变了一个或两个成分的构象，或者是在两个成分的交界面形成新的表位。这种复合物的晶体结构如下：每一单体由一个伸展的N-末端环插入一个由三个反向平行束和一个。螺旋C末端组成的β-片层折叠的方向平行构象的连接形成；四聚体则由两个二聚体组成，具有由突出于蛋白质分子表面的γ螺旋和β-片层折叠形成的“三明治”结构。
