像素是显微图像分析系统的zui小测量单位，通过它我们不仅能够得到待测范围内的几何形态信息，如面积、周长和直径等等，还可根据样品是否能够吸光或发光来测量其物质的总含量。在组织化学和免疫组织化学中常用荧光素来标记物质，使被测量物质产生有色荧光，从而进行分析。此外，在原位杂交技术中，采用放射自显影的标本也可以作为发光组织细胞样品使用显微图像分析系统进行分析。
（一）眼光组织细胞样品的测量
对于吸光组织细胞样品，图像分析系统至少能以下列三种参数来表述细胞待测物质的计量结果：
1．积分光密度（integrated optical density，IOD），又称积分吸光度，是被测量范围内各像素吸光度的总和，表述测量范围内各像素吸光物质的总含量，测量范围可为面积或体积。
2．平均光密度（average optical density，AOD），又称平均吸光度，是被测量范围内各像素吸光度的算术平均值，表述被测量范围内各像素吸光物质含量的平均水平，可反映此范围的染色深浅程度。
3．平均光密度方差 反映被测量范围内务像素染色深浅差异的指标，称为平均光密度方差（variance of average optical density），是表述被测量范围内各像素间吸光度的离散程度。
（二）发光组织细胞样品的测量
对于发光的组织细胞样品，图像分析系统也能以下列三种参数来表述细胞待测物质的计量结果：
1．积分光强度（integrated light intensity） 是被测量范围内务像素光强度的总和．表述测量范围内各像素发光物质的总含量，测量范围也可为面积或体积。
2．平均光强度（average light intensity） 是被测量范围内各像素光强度的算术平均值，表述被测量范围内各像素发光物质含量的平均水平，可直观地反映此范围的亮度。
3．平均光强度方差 反映被测量范围内务像素间亮度强弱差异的指标，称为平均光强度方差（variance of average light intensity），表述被测量范围内各像素间光强度的离散程度。
