总体上，可以构建两大类抗体文库：免疫文库或天然文库。免疫文库是用免疫球蛋白（Ig）可变区（V）基因制备而成的，这些基因或来自免疫人群，或来自小鼠；其中的V基因高度偏向于能识别免疫原的抗体。因而，免疫文库中分离的抗体亲和力，远高于那些分离自同等规模天然文库的抗体。这些抗体文库同样可用来选择针对非免疫抗原的抗体。天然文库的构建意图是让抗体文库没有偏好性，从而可以从中选择到针对各种各样抗原的抗体。它们或来自天然的未免疫人体的重排V基因，或来自合成的人V基因。总体而言，所选择抗体的亲和力与相应的抗体文库容量是成比例的；其Kde值在较小抗体文库的10-6～10-9mol/L到较大抗体文库的10-9mol/L之间。这一发现与理论推测是一致的。
对天然V基囱抗体文库和合成的V基因抗体文库进行比较可以发现：天然V基因文库 与同样规模的合成V基因抗体文库相比，可产生具有更高亲和力的抗体。这也许是由于合 成文库中所采用的互补决定区域（CDR）残基不能为抗体结构所接受，或是由于产生了不能以高亲和力结合的抗体结构。采用聚合酶链反应（PCR）以此方法制备合成行V区基因，同样可导致在可变区出现框移和终止密码子。要解决此问题，可以用三核苷酸替代单碱基来合成寡核苷酸，尽管此项技术成本高昂且未广泛普及。至于合成性scFv折叠不佳问题的解决，可以先用一个能识别V区构象表位的配体，如蛋白A或蛋白L，除去预先选择正确折叠的VH和VL基因（I．M．To mlinson），尽管这于已知能结合此类蛋白的VH和VL基因的抗体文库构建。使用合成性V区基因的优点是：可以挑选或工程化那些已知能在细菌中良好表达的V基因，尽管CDR区内单个氨基酸改变也许会导致细菌表达水平的迥异。现已用合成性三核苷酸技术建立了一个抗体文库。这个技术可以利用旁侧限制性位点让合成性序列插入CDR区的任何位置：这对于随后的抗体亲和力成熟尤其有用。
尽管在理论上，抗体文库的构建有多种不同的选择，不过大多数已发表的研究工作倾向于按照一种业已尝试并且验证过的实验方案进行。尤其是以丝状噬菌体为基础的噬菌粒载体以及用pⅢ作为展示蛋白，几乎成为了*。大多数抗体文库采用scFv模式，但也有一些采用Fab模式。Fab包括两条链，即VH—CH1和VL-CL，需要将两者组装为一体。另一方面，scFv则是一条含有两个V区结构域的单链蛋白，其中这两个结构域通过一个柔性连接头共价地结合在一起。总体上，Fab在噬菌体上更难组装并也更可能降解；其作为可溶性抗体片段的产量也更低；同时，由于具有较大的编码DNA分子，因此，也更易出现噬菌体（粒）中DNA分子不稳定的问题。所有这些问题的产生都源于这样一个事实：Fab含有两条需要组装的蛋白链，而每条链的大小都与单个scFv相当。然而，Fab似乎并不存在困扰scFv片段的二聚化或凝集问题，而且，有一个已发表的天然Fab文库与许多已发表的scFv文库相比似乎有同样的效率。scFv的主要问题之一是其具有易于形成二聚体的倾向，即一条scFv的VH与另外一条scFv的VL发生相互作用。如果连接片段较短，这个问题将更加严重。已有人利用这种二聚体的形成来构建二聚化抗体（成为二体），其中的每个单体都可以表达不同的抗体特异性。这样一个概念，已扩展到每个噬菌体携带两种抗体特异性的噬菌体抗体文库的构建之中。
抗体结构和用于噬菌体展示的重组形式。
被展示的重组抗体的基因结构。
构建于pⅢ上的以噬菌粒为基础的scFv抗体文库。实际上，与肽库不同，所有抗体文库都是在噬菌粒载体中构建的。随后的载体优化包括六*标签的出现和表位标签替换，都未从根本上改变这个载体的性质。使用噬菌粒载体的原因有两点：首先，噬菌粒载体具有比噬菌体载体更高的转化效率，因此可以构建明显大很多的抗体文库；其次，噬菌粒展示基本上都是抗体片段的单价展示，这样就允许依据结合常数对抗体进行更高的选择。采用噬菌粒载体必须用辅助噬菌体进行噬菌体救援，辅助噬菌体可以反式提供其他的噬菌体蛋白。
pHENl噬菌体展示载体。
