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上海源叶生物科技有限公司
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阅读:630发布时间:2010-7-28
[器材和试剂]
通用设备及试剂
● 灭菌水
● 无菌微量离心试管
● 无菌移液枪及移液管枪头
● 微型离心机
● 台式离心机
A部分
● 无菌的0.2ml的细壁聚丙烯微型离心管
● pfuDNA聚合酶(Stratagene)
● 10×pfu缓冲液, 由提供PfuDNA聚合酶的厂商提供
● dNTP混合液(每个10mmol/L)
● λGTll正向引物 (NeW England Biolabs, #1218 5’-GGTGGCGACGACCCTGGAGCCCG-3’)
● λGTll反向引物(New England Biolabs, #1222 5’-TTGACACCAGACCAACTGGTAATG-3’)
● 已制备好的SfiI-NotIλGTll cDNA文库[滴度≥109pfu(噬菌斑形成单位)/ml]
● 矿物油
● 自动PCR扩增仪
B部分
● QIAquickPCR扩增试剂盒(Qlagen)
● 限制性内切酶及相应的10×限制性内切酶缓冲液
C部分
● 琼脂糖
● TAE缓冲液(50X):2 mol/LTris-乙酸盐,50mmol/LEDTA(pH 8.0)
● 0.5mg/ml溴化乙锭(1000×stock)
● 6×凝胶上样液[0.25%(w/v)溴酚蓝,0.25%(w/v)二甲苯腈蓝FF以及30%(体积分数)的甘油水溶液]
● 琼脂糖凝胶电泳盒
● UV transilluminator
● 无菌的15m1的聚丙烯管
● 无菌刀
● Geneclean(Qbiogene)或Wizard PCR DNA预纯化系统(Promega)
● DNA浓度测量试剂盒(Invitrogen)
[方法]
A.PCR扩增cDNA插入片段
1.在冰浴中将以下成分加到0.2m1微量离心管中(执行10步反应)
● 水,36.5ul
● 10×Pfu缓冲液,5.0ul
● 10mmol/L dNTP, 1.5ul
● λGTll正向引物 (10umol/L),2.5ul
● λGTll反向引物(10umol/L),2.5ul
● 已制备好的Sfi-NotIλGTll cDNA文库,1.Oul
● PfuDNA聚合酶(2.5U/ul),1.0ul
2.混合反应物并用50ul的矿物油覆盖。
3.在95℃下使模板变性2分钟,按如下操作执行25次循环: (a)95℃变性1分钟; (b)50℃退火1分钟;(c)72℃延伸3分钟(zui后一轮的延伸时间增加到7分钟)。
B.纯化并用限制性内切酶消化扩增的cDNA片段
1.纯化在A部分中用QIAquick PCR扩增仪器得到了PCR产物,每两个PCR反应用一个旋转柱并在30ul的水中提取纯化的PCR产物。
2.收集提取的PCR产物,如下所示建立限制性消化:
● 水,25ul
● 纯化的PCR产物,150ul
● 10X限制性内切酶缓冲液,20ul
● 限制性内切酶(10U/ul),5ul
3.在适当的温度消化2小时。
C.对扩增和消化的cDNA片段按大小进行分馏并重新获得cDNA片段
1.在0.8%(w/v)琼脂糖/TAE凝胶(允许电压为1~5V/cm)上纯化限制酶的消化产物。
2.用无菌刀小心地切除靶区域(500~3000bp),将凝胶片转移到15ml的聚丙烯管中。注意:增加了跑胶时间会导致靶区域的扩大。
3.用Geneclean或WizardPCRDNA预纯化系统来纯化琼脂糖凝胶分离的片段,在50ul的水中重新得到扩增的cDNA。
4.用DNA浓度测量试剂盒来估计DNA的浓度。
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