自底物噬菌体显示技术出现以来，人们对此技术进行了很多完善和修改，并应用于实际之中。在zui后，我们将对一些类似的系统进行综述，并描述其在解决一系列科研难题中的工用。
1 底物消减文库
这是一种改良的底物噬菌体技术，用于区别两种不同蛋白酶的底物特异性。首先的几轮筛选使用*种蛋白酶筛选底物文库，将阳性底物分离出来。之后，又用第二个蛋白酶底物对此阳性底物进行筛选，分离得到非底物序列。结果，得到的序列能够被*个酶水解，但是不能够被第二个蛋白酶水解。这种方法被用于区别纤溶酶原激活物t-PA和u—pA的特异性。尽管两种蛋白酶都可以切割在P2和P1位点上的同一种GR序列，但是通过这种方法发现u-PA优先切割P3位点的*，而t-PA更偏向于切割体积较大的氨基酸，如*和*。
2 肽段连接酶的底物特异性
多种底物噬菌体展示技术被用于阐明一个工程连接酶的底物特异性。一种其活性位点221位*突变成半*、225位*突变成*的枯草杆菌蛋白酶变异体，被发现可以将脂化的肽段连接到其他肽段或蛋白的N末端。通过将噬菌体展示的hGH前三个密码子随机化制备底物噬菌体文库，让它与枯草杆菌蛋白酶变异体在*连接的肽脂（亚氨基*—KGAAPF-甘油—F—酰氨）存在的情况下一起反应，用抗*蛋白的琼脂糖珠捕获而分离连接后的底物噬菌体。这样，文库中那些含有连接反应的良好亲核试剂的文库多肽就被选择性地富集。以此方法得到的结果与使用合成底物得到的结果符合得很好，尤其是在P1，位点上。
3 蛋白激酶的底物特异性
底物噬菌体的概念也被成功地扩展到序列特异性的蛋白磷酸化研究之中。在这些研究中，分离步骤依靠的是一个能够分离磷酸化底物和非磷酸化底物序列的捕获试剂。尽管有许多抗磷酸化肽段抗体存在，必须小心地确保捕获步骤中仅涉及识别磷酸化的氨基酸，而捕获集团本身不会对序列产生任何的偏好。这种底物噬菌体文库的“捕获的编辑”使分离磷酸化*和磷酸化*残基，要比分离更大的磷酸化*更加困难。至少有一篇用噬菌体文库对包含磷酸化*和磷酸化*残基的底物进行筛选的报道[2叼。然而，在这个例子中，捕获抗体仅特异性识别细胞分裂期（M期）的磷酸化蛋白，因此仅能筛选出同时带有此抗体表位的激酶底物。
现在已经有部分蛋白*激酶用此方法进行研究，包括c-Src、Blk、Lyn、Syk以及Fyn。可以使用两种不同的噬菌体展示系统：一种是利用底物文库与全长的基因Ⅲ融合的单价展示系统，另一种是将底物文库与基因Ⅷ融合的多价展示系统。像在蛋白酶底物展示中一样，必须进行预实验以优化筛选条件，并证实可以通过此方法特异性地富集阳性底物序列。在肽段磷酸化酶的筛选中，理论上噬菌体的包膜蛋白能够与底物文库一样被激酶修饰，使得特异性筛选更加困难。另外，如果激酶含有磷酸化肽段结合性区域（如SH2）能够与磷酸化的噬菌体肽段相互作用而筛选出非特异性的底物，那么使用多价展示系统筛选底物可能会使问题变得更加复杂[22）。然而，小心地对待这些问题，底物噬菌体展示技术可以成功地应用于确定密切相关的两种蛋白*激酶的不同特异性。
4 用反转录病毒展示载体（retroviral display vector）进行的体内筛选
Buchholz等人使用另一种替代方法即利用反转录病毒载体展示底物文库，从而使得底物筛选的过程能够在完整的哺乳动物细胞内进行。在这种筛选过程中，表皮生长因子（EGF）与病毒的一个包膜蛋白融合，因而使得病毒的感染性在富含EGF受体的细胞中大大降低，而在酶切作用下释放EGF使得病毒恢复了感染活性。通过在EGF和包膜蛋白之间插入随机的底物序列，测定切割/感染活性，作者得以证实那些具有细胞蛋白酶的弗林蛋白酶/激素原转化酶（furin/prohormoneconvertase）家族共有酶切位点的底物的富集。
自出现开始，底物噬菌体展示技术就显示了其在探测底物活性中强大的作用。许多不同的实验室构建了一系列底物噬菌体展示载体，并用于测定许多酶（主要为蛋白酶和蛋白激酶）的底物序列。然而其应用前景比这些还广阔得多；很多肽段转录后的修饰也能应用于底物噬菌体展示的方法。zui后，几个的应用噬菌体展示技术的新方法正在开始出现。这其中包括在更广意义上的探测酶与底物间相互作用的方法，在这种情况下，酶与底物都被展示于同一个噬菌体颗粒上。
