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一般准备几个色谱柱就基本可以解决各类气相色谱分析工作的要求，可优先选择固定液分别为SE-30（或者OV-101）、OV-17、PEG-20M、DEGS、FFAP的柱子各一个。对于填充柱，担体可选白色担体、红色担体（包括未酸洗、酸洗、硅烷化）、GDX系列（或者Porapak系列）三种，基本可以解决工作中绝大部分内容。
对色谱柱长短的选择：由于分辨率与柱长的平方根成正比。柱子长，则提高分辨率。一般来说：15 m的短柱用于快速分离较简单的样品，也适于 快速成分扫描分析；30 m的色谱柱是zui常用的柱长，大多数分析在此长度的柱子上完成；50 m、60 m或更长的色谱柱用于分离比较复杂的样品。
对于柱口径的选择：柱径直接影响柱子的效率、保留特性和样品容量。小口径柱比大口径柱有更高柱效，但柱容量更小。
0.25 mm：具有较高的柱效，柱容量较低。分离复杂样品较好。
0.32 mm：柱效稍低于0.25mm的色谱柱，但柱容量约高60%。
0.53 mm：具有类似于填充柱的柱容量，可用于分流进样，也可用于不分流进样，当柱容量是主要考虑因素时（如痕量分析），选择大口径毛细管柱较为合适。 一些专家认为，对于普通用户，可选30 m或50 m长的毛细管，口径选0.32 mm较为便利。
