在更换过滤器之前必须进行消毒。在生物安全柜重新安置之前，必须要考虑对生物安全柜内所操作的病原体进行危害评估，以决定是否需要消毒及采用何种消毒方法。
一般有以下情况发生时，需要进行生物安全柜熏蒸：
1、更换生物安全柜的排气过滤器/送风过滤器之前。
2、更换内风机之前。
3、发生泄漏或者污染难以消毒的表面时。
4、进行性能检验和重新检测之前。
5、生物安全柜的安装位置有移动之前。
6、根据使用者的风险评判断是否需要熏蒸。
生物安全柜过滤器更换注意事项
高效过滤器更换前，一定要将柜内表面以及原超高效过滤器采用甲醛熏蒸消毒，更换时，手和身体有外伤者不得进行操作，操作人员一定要穿上防护服以及口罩，小脚手套。 取出的过滤器要立即密封放入塑料袋内，使用过的手套，防护服等同样处理，作为医疗垃圾处理。安装新过滤器时，不要随便将头和身体伸到柜内，同样高度谨慎操作。
