基因测序技术的高速发展,使得测序成本不断下降,测序时间不断减少,这为科学家提供了极大的便利.基因测序的进步可帮助科学家在短时间内快速检测出病原菌基因组,在有疫情发生时,可以实时分析病原菌类别,为及时的临床诊断提供依据.
英国剑桥大学等机构的研究人员在《新英格兰医学杂志》上报告说,他们利用耐**疫情中留下来的样本,在实验室中重新模拟了该病菌不同亚型的传播情况,并用基因测序技术对这些病菌进行分析.领导这次研究的沙伦•皮科克教授说,利用的基因测序技术,只需要一天左右,就可以从基因层面上分辨出难以区分的耐**亚型.在疫情发生时,不同亚型细菌的传播情况会不断变化,使用基因测序技术基本上可以实时跟踪这种变化,为临床治疗及时提供信息.她还表示,相关技术也应该可以适用于其他病菌引发的疫情,成为一种新的的疫情监测手段.
一个关注的问题是要求在不同的国家或地区,不同时期引起疾病的病原菌间的关系有个可查寻的标准.1998年Maiden等提出多点测序技术（multilocus sequence typing, MLST）,这种技术正是符合这一要求与标准的可以应用网络来确定和追踪分离到的病原菌的毒力传播和抗药性情况,同时可追踪相对较长周期内病原菌的流行病学的细菌分型方法.多点测序技术是利用快速测序技术来揭示保守基因的等位基因突变来对病原菌进行分型和鉴定.该技术常选择微生物染色体上7个左右相距一定距离且基本覆盖整个染色体的管家基因进行双向测序,每个不同的基因序列称作其等位基因,特定的等位基因序列给出一个专门的基因序号,所有7个位点等位基因的序号组成等位基因谱.当分离得到一个性质未知的病原菌时,与等位基因谱比较就可以确定它的来源.
