DNA合成和纯化系统使DNA合成的4个过程（合成、切除、脱保护及纯化）自动完成，定量、自动地收集DNA产品。这些过程在3种同时运行的模块中完成。
DNA合成所需的全部化学步骤都在合成柱内进行，合成DNA所需要的全部试剂和溶剂都可以通过试剂运输系统供给。在柱子（起始载体结合的核苷是装在一次性的柱子中，该柱子除柱体外还有两个固定过滤板和两个接头，所有部件都是由惰性材料制成）中发生3个化学过程。
*个过程发生在合成模块中。柱中含有3’端核苷，与载体物质共价结合，一次加1个碱基到载体结合的核苷上，DNA链就开始增长，合成的粗寡核苷酸既可带5，—DMT基团，也可不带5，—DMT基团，而纯寡核苷酸的合成必须带5’—DMT基团。
在自动生产寡核苷酸的第二个过程中，柱子被切换到切除模块，这里浓的氢氧化铵溶液被输送到柱内，从载体上切除寡核苷酸，然后将氢氧化铵溶液中的DNA产物转移到脱保护模块。
第三个过程是脱保护，将含寡核苷酸的溶液在65℃加热1h以达到从寡核苷酸上去除掉保护基团的目的。
第四个过程为纯化模块，所希望获得的全长寡核苷酸与失败片段及其他杂质分离。纯化是将混悬在氢氧化铵溶液中脱保护的产物通过原来的柱内的载体来完成。DMT化的全长寡核苷酸在柱内结合到载体上，而脱DMT的失败片段和其他杂质都被冲洗去掉。接着经脱DMT后，用20％的乙腈水溶液：将DNA产物从柱上洗脱下来。
已纯化的寡核苷酸应用UV（紫外线）检测系统，在20％的乙腈溶液中进行定量测定，当样品输送到样品收集模块时通过检测器，吸收以光密度单位（ODU）表示，产量则以皮摩尔（pmole）表示。自动合成寡核苷酸是以样品收集模块（module）中收集DNA样品而告完成。
