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科学家们为了能深入了解特异性基因表达,发展了许多实验技术,比如芯片技术,PCR,高通量测序等,但是要想得到的结果,仍然依赖于实验操作人员对于技术掌握的熟练程度。而且随着基因表达研究越来越多,为了确保公布的结果的性,对于相关分析也越来越严格。不过所幸目前也有了更多基因表达分析相关的产品,这些产品带来的新技术也许能帮助我们解决难题。
计数表达
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“过去所有用于分析基因表达的方法都是相对间接的方法——通过转录标记,和芯片杂交检测表达水平”,来自Illumina国内公司的资深科学家Gary Schroth说,“目前发展趋势很清楚,世界正朝着测序,或者说是计数分析发展”,RNA测序也更多的计数分析,直接分析生物样品中的分子特征。
2007年1月,Schroth研究组研发了一种称为RNA-seq的实验方法,这种方法能完成cDNA全长的测序。在短短几年间,这种技术已经应用于多篇发表文章中,正如Schroth自己所说的,“现在,有超过300份同行评审发表文章采用了RNA-seq方法”,他也提及了增长的高通量——从2007年的每次完成4000-6000万发展到了今天Illumina HiSeq 2000系统的3亿。读长也翻了三倍,而且如今研究采用的也大多是双末端测序方法。同时一些上市的试剂盒也促进了RNA测序的发展,比如Illumina2010年底推出的TruSeq RNA Sample Prep Kits,这一试剂盒能从总RNA生成文库,并与Illumina测序产量兼容。与之前的方法相比,预混液试剂排除了大部分移液步骤,并减少了纯化次数,让手工操作时间降至zui低。全新的自动化友好的流程形式能够平行处理zui多96个样品。通过目前新一代测序平台上zui易用的样品制备流程,这实现了经济、高通量的RNA测序。
来源:生物通
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