脱硫塔是系统的核心，气流在塔内过塔高度15m，在塔内停留时间7秒。湿法烟气脱硫效率由塔的传质能力决定，与液气二相在塔内接触程度相关。在塔内，SO2被水吸收，成为亚硫酸（氧化后为硫酸），再与碱性物（或二性物）反应生成亚硫酸盐及硫酸盐。石灰石脱硫主要产物是石膏。其和反应为：
SO2的吸收：         SO2 (g) ? SO2 (aq)
SO2 (aq) + H2O ? H+ + HSO3-
HSO3- ? H+ + SO32-
HSO3的氧化          HSO3- + ?O2 ? H+ + SO42-
H+ + SO42- ? HSO4-
固体CaCO3的离解        CaCO3  ? CaCO3 (aq)
Ca(OH)2 (aq) ? Ca2+ +2OH-
中和反应                 OH- + H+ ? H2O (aq) 
（有水生成，无CO2放出）
结晶反应            Ca2+ +SO42- + 2H2O ? CaSO4?2H2O(s)