废水水质对厌氧反应器的操作影响重大，因此必须对废水特征有明确了解。工业废水的种类是非常多的，即使同一类工业废水，其性质也会因工艺的不同区别很大。
以造纸工业为例，其废水可分为备料工段废水、制浆废水、造纸废水及回收工段废水等，其中仅制浆废水又有化学浆、（酸法和碱法）、半化学浆、化学机械浆及机械浆废水。各类废水在性质上区别极大，其厌氧处理的难易、效果也区别很大。一般情况下，对一种废水起码要在启动前了解以下特征。
1、废水的有机物浓度
首先要知道废水的有机物浓度，过低浓度的废水可能并不适合于传统的UASB的应用。荷兰的Lettinga教授曾认为低于1000mgCOD/L的废水不宜于使用UASB，或者说在此浓度下UASB的使用不能充分表现其*性。但近年来由于EGSB反应器的发展和UASB上流速度的有效提高，他们又提出低于100mgCOD/L的废水不宜于使用UASB的说法。而在较高的浓度下废水则可能需要稀释或回流。
2、废水B/C比
废水的厌氧生物可降解性则能预测出UASB反应器出水的质量或COD的去除效率。
3、废水的PH缓冲能力
另一个需要了解的是废水的pH缓冲能力，碱度是衡量缓冲能力的一个参数。另一个实用的检查废水缓冲能力的方法是向废水中加入相当于其COD浓度40%的乙酸（以COD浓度计），假如废水pH仍维持6.5以上，则其缓冲能力是没有问题的。假如pH在加乙酸后低于6.5，则说明废水的缓冲能力不是非常强，在操作中应小心控制，后一种情况下，在废水处理中产生的NH3，也能提高其缓冲能力。对于碱度特别小的废水，可以加Na2CO3提高其碱度。
4、废水中的营养物质
废水中应有维持细菌生长必须的营养。厌氧菌需要的营养较少。粗略地讲，N和P的需求大约为CODBD：N：P≈(350~500)：5：1。但由于发酵产酸菌的生长速率大大高于甲烷菌，因此，较为的估算应当是CODBD：N：P：S=(50/Y)：5：1：1。其中y为细胞产率，对于发酵产酸菌，Y=0.15；对于产甲烷茵Y=0.03。典型地，对*未酸化的废水，取Y=0.15；对于一个*酸化的废水，取Y=0.03。
此外，甲烷菌细胞组成中有较高浓度的铁、镍和钴。在以冷凝液为主的废水中，有时在例如玉米、土豆加工废水中，这些元素可能非常少，在此情况下应当加入这些微量元素。有时也添加锌和钼。
5、悬浮物
废水悬浮物的含量如果太高，则可能不大适宜于UASB处理。当废水悬浮物浓度超过3000mg/L，并且它们不能生物降解而且能滞流在反应器内，就会引起较大的麻烦。但如果这些悬浮物能够生物降解，或者它们不在反应器内滞留，则不会引起任何问题。
悬浮物能否在反应器内滞留取决于悬浮物和污泥的颗粒大小与密度，当反应器形成颗粒污泥，则悬浮物不容易停留在反应器内。当废水含高浓度悬浮物时，在UASB反应器前增设沉淀池是有益的。对于可以降解的悬浮物，应当知道它降解的速率以便计算悬浮物在反应器里的保留量。
