博科生物安全柜使用时应穿着个体并戴手套防止被污染。在进行一级和二级生物安全水平的操作时，可穿着普通实验服。手套应套在实验服袖口外面。有些操作可能还需要戴口罩和护目镜。工作时，尽量减少手臂的移动，移动时要缓慢，防止干扰柜内气流。在移动双臂进出安全柜时，需要小心维持前面开口处气流的完整性，双臂应该与工作区开口垂直地缓慢进出前面的开口。
博科生物安全柜使用完毕后处理：
1.系紧用过的生物废物袋。
2.对安全柜内壁、后壁、工作台面和前窗内侧进行清洁和消毒处理。
3.由于剩余的培养基可能会使微生物生长繁殖，因此在实验结束时，包括仪器设备在内的所有物品都应清除表面污染，并移出安全柜。
4.从安全柜内移出手臂之前，一定要进行表面消毒处理，然后垂直于工作区开口缓慢地移出。
6.在每次使用后，要清除生物安全柜内表面的污染。工作台面和内壁要用消毒剂进行擦拭，所用的消毒剂要能够杀死安全柜里的任何微生物。在每天实验结束时，应擦拭生物安全柜的工作台面、四周以及玻璃的内外侧等部位来清除表面的污染。在对目标生物体有效时，可以采用漂白剂溶液或70%酒精来消毒。在使用如漂白剂等腐蚀性消毒剂后，还必须用无菌水再次进行擦拭。
7.关闭前操作窗口并开启紫外灯。
