水库防护网在水库建成蓄水运行后，由于水域面积有所上升，会让库区周围的部分陆生动物迁移。同时周边森林及适宜森林的生物种类数量会有所下降，会对生物物种产生一定影响。与此同时，次生植被及人工植被会大幅度增加。整个生态系统会从多元化向单一化方向发展。在这种情况下，整体森林覆盖率必然会有所下降，森林资源的绿化功效自然也会下降。水库防护围栏修建后，会让流水环境转变为静水环境，并且会带来一系列物化变化，其中明显的便是水温结构的改变。通常情况下，水库水温主要来源于太阳辐射，由大气与水面接触传至水中。

水库防护网在水深不断增加的同时，热量吸收程度也会有所下降。在不受到其他因素影响的情况下，热量很难传至水库深水区域。在水库水温升温期间，若存在风力影响，会让部分热表面水与深层水混合，其混合程度会直接影响到水温结构。基于水库水温的特征，区域内种群分布也会出现一定变化。例如，部分水库当中富含有机物，会分解出一定量的氮、磷，可为藻类创造良好的生长条件。自然河流当中，流水性动物较为常见；而水库建成后，水流速度会明显放缓，水体中的含氧量会明显下降，流水性动物会大量减少，而静水性动物如水蚯蚓、摇蚊及静水性鱼类等会逐渐繁殖。总之，水库生态环境与自然湖泊、江河等具有明显差异，其生物种群存在明显不同。同时，水库具有较强的自净能力，即便受到污染，只要采取一些针对性措施，做好污染源控制工作，能够让其生态环境得到恢复。