关于本次水污染防治法修改的主要内容，陈吉宁说，草案全面落实《水污染防治行动计划》确定的主要制度措施，与新修订的环境保护法相衔接，围绕全国人大常委会执法检查发现的重点问题和社会普遍关注的突出问题，主要修改、增加了以下内容：
　　强化地方政府责任。规定未达到水环境质量改善目标的，有关市、县级人民政府应当制定限期达标规划，明确防治措施及达标时限，并授权其根据达标需要提出更严格的排放控制要求。（第二条）
　　加强流域水污染联合防治与生态保护。规定国务院环境保护主管部门应当会同有关部门和省级政府，建立重要江河、湖泊的流域水环境保护联动协调机制，加强水污染联合防治。同时，为提升流域环境资源承载能力，规定要明确流域生态环境保护要求，组织开展监测评价，实施有关生态修复工程。有关开发建设活动要采取有效措施维护流域生态功能。（第三条、第四条）
　　完善水污染防治监督管理制度。一是做好排污许可与总量控制、达标排放等制度的衔接，规定排污许可证应当明确水污染物种类、浓度、总量和排放去向等要求（第六条）。二是完善环境监测制度，明确排污单位的自行监测义务（第八条）。三是建立有毒有害水污染物名录制度，加强风险管理（第九条）。
　　强化重点领域水污染防治措施。在工业废水管理方面，明确工业集聚区废水实行集中处理，并严格其排放要求；在地下水污染防治方面，明确有关企事业单位应当采取防渗漏等措施，加强地下水水质监测；在农业和农村水污染防治方面，规定县级以上地方人民政府要统筹规划、建设农村污水、垃圾处理设施；禁止有关工业废水排入农田；在船舶污染防治方面，要求进入我国内河的航线船舶对压载水进行灭活处理，禁止采取冲滩方式进行船舶拆解作业。（第十条至第十八条）
　　强化饮用水安全保障制度。在现行法律规定的饮用水水源保护区制度的基础上，增加了以下内容：一是开展饮用水水源污染风险调查评估，筛查可能存在的污染风险因素，并采取相应的风险防范措施；二是规定单一水源供水的城市，应当建设应急水源或者备用水源，或者开展区域联网供水；三是规定有条件的地区要发展规模集中供水，保障农村饮用水安全；四是强化饮用水供水单位责任，保证供水水质达标，不达标的要对供水单位进行处罚；五是加强饮用水水质监测；有关信息要向社会公开；六是加强饮用水安全应急管理。（第十九条至第二十二条、第二十四条、第三十一条）
　　严格法律责任。根据环境保护法的精神，对无证或者不按证、超标、超总量排放水污染物等违法行为，规定了严格的法律责任，并与环境保护法规定的按日连续处罚和JU留措施进行了衔接。（第二十八条至第三十条、第三十二条、第三十四条）