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化学法是废水处理的传统方法，目前以氧化法、电解法以及氧化法等作为制药废水的预处理及2级处理比较常见。研究表明，KMnO4氧化法预处理中草药制药废水的优化反应条件为：KMnO4投加量13mg/L，反应温度60℃，反应时间25min，pH为6，预氧化法为后续处理减轻了很大难度，但是由于反应温度过高，给实际应用提出了新的问题。
微电解法目前已应用于工业废水的处理。对铁炭微电解系统处理高氮、难降解制药废水进行了研究，结果表明，填料的粒度，pH、铁碳含量、气水体积比和停留时间，影响铁炭微电解系统的脱氮效率。
化学法也可作为制药废水的深度处理方法。研究表明，Fenton氧化抗生素废水2级处理出水的单因素试验优化工艺条件为：H2O2投加量为5mL/L，初始pH为4，Fe2+、H2O2摩尔比为1/20，反应时间为60min，实验证明了Fenton氧化作为抗生素废水3级处理的可行性，但在实际工程中的应用还有待考量。
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