医疗废水中主要是生活污水和含病菌污水，设备去除有机污染物及氨氮主要依赖于设备中的AO生物处理工艺。其中工作原理是在*，由于污水有机物浓度很高，微生物处于缺氧状态，此时微生物为兼性微生物，所以*池不仅具有一定的有机物去除功能，减轻后续好氧池的有机负荷，有机物浓度降低，但仍有一定量的有机物及较高NH3-N存在。
为了使有机物得到进一步氧化分解，同时在碳化作用下硝化作用能顺利进行，在O级设置有机负荷较低的好氧生物接触氧化池。在O级池中主要存在好氧微生物及自氧型细菌（硝化菌）。其中好氧微生物将有机物分解成CO2和H2O；自养型细菌（硝化菌）利用有机物分解产生的无机碳或空气中的CO2作为营养源，将污水中的NH3-N转化成NO-2-N、NO-3-N，O级池的出水部分回流到*池，为*池提供电子接受体，通过反硝化作用终消除氮污染。

医疗废水中含有大量的病菌，所以经A/O处理后的污水必须消毒处理后才能排放，现在的污水处理消毒主要是采用二氧化氯消毒法，消毒好，费用低，易操作。是客户比较容易接受的一种消毒工艺。