在各类工业废水中，制药工业废水由于其特点常居难治理之列。并且，微生物药物是复杂多样的；可以以微生物菌体为药品、以微生物酶为药品、以菌体的代谢产物或代谢产物的衍生物作为药品以及利用微生物酶特异性催化作用的微生物转化获得药物等，包括微生物菌体、蛋白质、多肽、氨基酸、抗生素、维生素、酶与辅酶激素及生物制品等。由该类药品的生产性质可知这类制药废水处理的难度。

与一般工业废水相似，抗生素工业废水处理设备也采用物化法和生物法进行处理。物化法包括化学混凝、强氧化剂氧化、阳极射线辐射、反渗透、焚烧、电解、萃取和离子交换等，主要用于废水中可利用组分的回收、废污泥的焚烧等；生物法包括好氧法和厌氧法，制药废水的好氧处理主要包括SBR、氧化沟、深井曝气及接触氧化法等。欧洲、美国、日本早在20世纪40年代就开始利用生化法处理青霉素废水，因受当时处理技术的限制，到20世纪70年代处理制药废水几乎全部采用好氧处理技术。抗生素废水属高浓度有机废水，仅采用常规的好氧生物处理难以对COD达10000mg/L以上的废水产生良好的效果。因此，需要用大量的清水或生活污水对抗生素废水进行稀释，消耗较大的动力，资金投入也较大。目前，国内外处理高浓度有机废水主要是以厌氧法为主，用于抗生素废水处理的厌氧工艺包括：上流式厌氧污泥床（UASB）、厌氧复合床（UFB）、一体式厌氧污泥床、厌氧折流板反应器（ABR）等。目前发达国家多采用较稳妥但费用较高的混合稀释好氧处理工艺。

厌氧生物处理技术在抗生素类制药工业废水处理设备中的成功应用，对抗生素废水的生物处理起到了积极的推动作用，大大地降低了在废水处理方面的工艺及技术难度。一般国内外对制药废水的终端治理采用生物处理技术或物化加生物联合处理技术。制药废水总体上看污染物以有机物为主，虽含有难降解有机物和抑制微生物生长的物质，但一般经适当的预处理和菌种驯化，用生物法处理可得到良好的处理效果。