PCR检测因其高灵敏度、快速、操作方便等优势已经被广泛应用，不过正是由于它灵敏度，极微量的污染源都有可能导致检测结果的假阳性。污染，是PCR实验室出现实验假阳性、结果不可信、研发不可靠的重要推手，PCR实验室应当将防污染作为日常管理、实验安排、清洁消毒、实验习惯的核心。
实验室污染分类:
       1、样本间交叉污染
       主要是在采（取）样的过程中，由于取样工具之间的交叉造成污染，或者在核酸提取的过程中，由于移液器、离心管等使用不当导致的污染。 
       2、PCR试剂的污染
       主要是在PCR试剂配制过程中，由于移液器、容器、阴性对照及其它试剂被核酸模板或阳性对照污染。
       3、克隆质粒的污染
       作为阳性质控品的克隆质粒外溢。
       4、PCR扩增产物污染
       这是PCR反应中最主要见的污染问题。因为PCR产物拷贝量大，远远高于PCR检测数个拷贝的极限，所以极微量的PCR产物污染，就可造成假阳性结果。
处理方法:
     （1）清理废液缸并且对废液缸用有效氯含量为2000mg/L消毒水浸泡消除核酸污染；
     （2）用有效氯含量为2000mg/L消毒水对移液枪进行擦洗，关键部位为移液枪前端易污染部位，清洁干净后用洁净水再擦拭一遍；
     （3）将离心管架、扩增管架、扩增管架底板、吸嘴盒及其他相关物品用有效氯含量为500mg/L的消毒水浸泡2小时后，用清水冲洗干净晾干后使用；
     （4）对污染区域内的设备如扩增仪、全自动提取仪等，使用核酸气溶胶污染清除剂进行反复处理，对生物安全柜等含有空气过滤系统的设备，需更换过滤网；
     （5）用有效氯含量为500mg/L的消毒液对整个实验室（地板、墙面、天花板、门、窗户等地方）进行清洁，并且用有效氯含量为1000mg/L的消毒水对实验室进行喷雾消毒(重点部位为操作区)，有效降解空气中的气溶胶与附着在实验台表面的核酸污染，同时加大通风量（内循环无用，尽可能外循环）；
     （6）待污染区域及设备器件清理完成后，常用设备和操作台面使用移动紫外消毒车近距离辐照1小时，实验室内则使用室内紫外灯整晚辐照。

污染消除判断标准:
       设计阴性对照组，根据阴性对照确认污染情况。可使用敞开后隔夜放置操作区的阴性对照进行实验（在单独的实验室验证），若连续三天阴性对照没有起跳，则说明污染得到控制，可恢复正常实验。
       为的降低可能出现的PCR污染或杜绝污染的出现，在实验室前期设计及日常实验室管理和操作中，就需要进行合理的规划以及严格执行实验室SOP，把污染的可能性扼杀在摇篮中。