清洁和消毒的目的是为了保证洁净室能在一个合适的时间周期内达到规定的微生物洁净水平要求。因此，洁净室的清洁与消毒是污染控制中一个很重要的部分。以下列出八个涉及到清洁和消毒的重要步骤，旨在保证洁净室的“洁净”。
 

　　选择适合的清洁剂和消毒剂
 

　　选择合适的清洁剂和消毒剂是很重要的。洁净室的管理人员要确保清洁剂和消毒剂的效果以及为不同类型的洁净室选择合适的清洁剂和消毒剂。需要注意的是有些清洁剂和消毒剂不能混合使用。
 

　　在选择清洁剂的过程中，以下几点很重要：
 

　　1、清洁剂应是中性、非离子型的。
 

　　2、清洁剂应该是不起泡沫的。
 

　　3、清洁剂应该和消毒剂相匹配(即清洁剂的残留不会削弱消毒剂的效果)。
 

　　在选择消毒剂的过程中，要考虑以下几点：
 

　　1、为了满足GMP法规的要求，两种消毒剂应轮换使用。虽然监管部门要求使用两种不同的消毒剂，但是，科学地说，这是没有必要的。针对这一点，应选择两种有不同效果的消毒剂。明智的选择是，其中要有一种能杀死细菌孢子的消毒剂。
 

　　2、消毒剂应该具有广谱消毒作用(范围广)，即消毒剂能有效的杀灭很多种类的微生物繁殖体，其中包括革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌。
 

　　3、理论上，消毒剂应该很迅速的起作用(作用快)。消毒的速度取决于消毒剂杀死一个微生物群所需要的接触时间。接触时间就是使用消毒剂的表面必须保持湿润的时间。
 

　　4、有机物的残留和清洁剂的残留不能影响消毒剂的效果。
 

　　5、更别的洁净室(例如ISO 14644 的5和7级)必须采用无菌的或者经洁净室操作人员灭菌后的消毒剂。
 

　　6、消毒剂应能够在洁净室运行温度条件下使用。如果这个洁净室是冷藏室，那么就要检查消毒剂能不能在这个温度下起作用。
 

　　7、消毒剂不能损伤被消毒的材料，如果会发生损伤，就要采取措施避免损伤的发生。很多能杀死细菌孢子的消毒剂都是含氯的，使用后若不及时擦除残留物，就会损伤材料，例如不锈钢材料。
 

　　8、消毒剂应对操作人员无害并符合当地健康安全法的标准。
 

　　9、消毒剂应该经济实惠且要便于稀释并装入符合要求的容器，例如手动式喷雾壶。