氯的杀菌机理
RNA和DNA等物质释出，并影响多种酶系统（主要是磷酸葡萄糖去氢酶的巯基被氧化破坏），从而使细菌死亡。氯对病毒的作用，在于对核酸的致死性损害。有资料指出病毒对氯的抵抗力较细菌强，其原因可能是病毒缺乏一系列的代谢酶；氯较易破坏—SH键，而较难使蛋白质变性。影响消毒效果的因素
PH值、水温、水的浑浊度和微生物的种类及数量。
 
 加氯量
“需氯量”。为保证消毒效果，加氯量必须超过水的需氯量，使在氧化和杀菌后还能剩余一些有效氯，称为“余氯”。一般要求氯加入水中后，接触30分钟，水中至少应保持游离性余氯0.3mg/L。在配水管网末梢，游离性余氯不应低于0.05mg/L。余氯分为游离性余氯和化合性余氯两种，游离性的HOCl、OCl‾ 和Cl2；化合性如NH2Cl和NHCl2。前者杀菌力较强，后者杀菌力较弱。接触时间
（指HOCl和OCl‾）消毒时，接触时间应至少30分钟，游离性余氯达0.3 - 0.5mg/L；采用氯胺（指NH2Cl和NHCl2）消毒时，接触时间应在1 -2小时，化合性余氯达1-2mg/L。水的PH值
PH值。当PH值＜5.0时，HOCl呈100%形式存在于水中，随着PH值的增高，HOCl逐渐减少而OCl‾逐渐增多。PH值在6.0时，HOCl在95%以上；PH值＞7.0值，HOCl含量急剧减少；PH＝7.5时，HOCl和OCl‾ 大致相等；PH值＞9时，OCl‾ 接近100%。根据对大肠杆菌的实验，次氯酸(HOCl)的杀菌效率比次氯酸离子（OCl‾）高约80倍。因此，消毒时应注意控制水的PH值，不要太高，以免生成OCl‾ 较多，HOCl较少而影响杀菌效率。用漂白粉消毒时，因同时产生Ca(OH)2，可使PH值升高。故当漂白粉因保存不当或放置过久而使有效氯含量低时，消毒效果会受影响。二氯胺的杀菌效果较一氯胺高，三氯胺则几乎无杀菌作用。它们之间的生成量比例，取决于氨和氯的相对浓底，PH值和温度等因素。一般而言，当PH值＞7时，一氯胺的生成量较多；PH＝7.0时，一氯胺和二氯胺近似相等；PH值＜6.5时，主要为二氯胺；三氯胺只有当PH值＜4.4时才存在。水温
10℃，病菌杀灭率约提高2-3倍。
水的浑浊度
HOCl）和次氯酸离子（OCl‾）直接与水中细菌接触，方能达到杀菌效果。如水的浑浊度很高，悬浮物质较多，细菌多附着在这些悬浮颗粒上，则氯的作用达不到细菌本身，使杀菌效果降低。这说明消毒前混凝沉淀和过滤处理的必要性。
水中微生物的种类和数量
100%的杀灭效果，常以99%、99.9%或99.99%的效果为参数。故消毒前若水中细菌过多，则消毒后水中细菌数就不易达到卫生标准的要求。