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厌氧过程比好氧过程对温度变化，尤其是对低温更加敏感的原因，是因为将乙酸转化为甲烷的甲烷菌比产乙酸菌对温度更加敏感。低温时挥发酸浓度增加，就是因为产酸菌的代谢速率受温度的影响比甲烷菌受到的影响小。低温时VFA浓度的迅速增加可能会使VFA在系统中累积，最终超过系统的缓冲能力，导致pH值的急剧下降，从而严重影响厌氧工艺的正常运行和最大处理能力的发挥。
当好氧温度为20℃、厌氧温度为35℃时，生物体与100mg／L的基质接触，代谢速率分别为最大速率的80％和60％；而当好氧温度为10℃、厌氧温度为25℃时，生物体与100mg／L的基质接触，代谢速率分别为最大速率的30％和5％。而其主要原因是在低温条件下，产酸菌产生挥发酸快于甲烷菌将挥发酸转化为甲烷而使厌氧共同体的代谢失去了平衡。
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