目前, 国内外还未见报道有成熟的工艺和方法能将PCR实验室污水综合处理到达标排放的标准。PCR实验室污水的治理不能等同于工业污水处理,而是采用多单元处理流程系统或是有针对性地进行分类处理, 尽可能地降低处理难度, 使处理费用较低, 操作比较简单。PCR实验室有机废水处理方法可以借鉴其它有机废水的处理。一般来说有机废水处理技术主要包括法和物化法。对有机物浓度高、毒性强、水质水量不稳定的实验室废水, 法处理效果不佳, 而物化法对此类废水的处理表现出明显的优势。实验、对实验室废弃物进行分类处理及回收循环再利用, 不仅能减小对环境的污染, 而且能减少化学药品的浪费。对高浓度实验室有机废水, 将其中的有机溶剂如醇类、酯类、有机酸、酮及醚等回收循环使用后, 再用化学方法处理; 对浓度高、毒性大且无法回收的有机废水, 需要进行集中焚烧处理。